生物数据库是现代研究的重要基础，在不断变化的生物学领域，COVID-19 数据库已成为不可或缺的资源。 Covid-19 于 2019 年 12 月在全球爆发，需要综合数据库来揭示这种新型病毒与癌症之间的复杂联系。尽管现有数据库，但研究界仍然迫切需要一种集中且可访问的方法来获取精确信息。这项工作的主要目的是开发一个数据库，只需单击一下即可获得所有与 COVID-19 相关的数据，并具有自动全局通知功能。精心设计的 COVID-19 大流行数据库 (CO-19 PDB 2.0) 弥补了这一差距，该数据库被定位为研究人员解决 COVID-19 和癌症复杂性的综合资源。 2019 年 12 月至 2024 年 6 月期间，CO-19 PDB 2.0 系统地收集了 120 个数据集并将其组织为六个不同的类别，每个类别都满足特定的功能。这些类别包括化学结构数据库、数字图像数据库、可视化工具数据库、基因组数据库、社会科学数据库和文献数据库。功能范围从图像分析和基因序列信息到数据可视化和环境事件更新。 CO-19 PDB 2.0 可以选择数据库搜索页面或自动通知页面，从而提供无缝的信息检索。专门页面介绍了六个预定义的图表，提供了对关键标准的深入了解，例如病例数和死亡数、国家/地区分布、“新病例和康复率”以及死亡率和康复率。 COVID-19 对癌症患者的全球影响促使研究机构之间进行广泛合作，在国际期刊上发表了大量文章和计算研究。该计划的一个关键特征是标准化信息更新的每日自动通知。用户可以根据不同的类别轻松导航或使用直接搜索选项。该研究提供了最新的 COVID-19 数据集以及有关 COVID-19 和癌症的全球统计数据，重点介绍了 2022 年美国诊断出的前 10 种癌症。乳腺癌和前列腺癌是最常见的，分别占 30% 和 26%。分别是新病例。该计划还确保删除或替换无效链接，为研究人员、医疗保健专业人员和个人提供宝贵的资源。该数据库已使用 PHP、HTML、CSS 和 MySQL 实现，可在 https://www.co-19pdb.habdsk.org/ 上免费获取。数据库网址：https://www.co-19pdb.habdsk.org/。© 作者 2024 年。由牛津大学出版社出版。

MicroRNA (miRNA) 在转录后过程中发挥重要作用并调节主要细胞功能。 miRNA表达的异常调节与许多人类疾病有关，例如呼吸系统疾病、癌症和神经退行性疾病。最新的 miRNA 与疾病的关联主要见于非结构化生物医学文献。由于出版物数量不断增加，手动检索这些关联可能既麻烦又耗时。我们提出了一种基于深度学习的文本挖掘方法，从生物医学文献中提取标准化的 miRNA 与疾病关联。为了训练深度学习模型，我们构建了一个新的训练语料库，该语料库通过利用多个外部数据库的远程监督进行扩展。定量评估表明，该工作流程在用于检测 miRNA 与疾病关联的保留测试集上实现了 98% 的接收者操作特征曲线下面积。我们通过从生物医学文献（PubMed 和 PubMed Central）中提取新的 miRNA-疾病关联来证明该方法的适用性。我们通过对三种不同神经退行性疾病的定量分析和评估表明，我们的方法可以有效地提取公共数据库中尚未提供的 miRNA 与疾病的关联。数据库网址：https://zenodo.org/records/10523046.© 作者 2024。由牛津大学出版社出版。

癌症干性在癌症的发生和进展中发挥着重要作用，是肿瘤侵袭、转移、复发和不良预后的主要原因。非编码 RNA (ncRNA) 是一类 RNA 转录物，通常不能编码蛋白质，但已被证明在调节癌症干细胞性方面发挥着关键作用。在这里，我们开发了 ncStem 数据库来记录手动策划和预测的与癌症干性相关的 ncRNA。 ncStem 总共包含 645 个经过实验验证的条目，包括 159 个长非编码 RNA (lncRNA)、254 个 microRNA (miRNA)、39 个环状 RNA (circRNA) 和 5 个其他 ncRNA。每个条目的详细信息包括ncRNA名称、ncRNA标识符、疾病、参考、表达方向、组织、物种等。此外，ncStem 还为 33 种 TCGA 癌症提供计算预测的癌症干性相关 ncRNA，这些癌症使用基于监管和共表达网络的随机游走与重启 (RWR) 算法进行优先级排序。预测的癌症干性相关 ncRNA 总数包括 11~132 个 lncRNA 和 972 个 miRNA。此外，ncStem 还提供了用于癌症干性相关 ncRNA 的功能富集分析、生存分析和细胞位置询问的工具。总之，ncStem 提供了一个检索癌症干性相关 ncRNA 的平台，这可能有助于癌症干性研究并为癌症治疗提供潜在靶点。数据库网址：http://www.nidmarker-db.cn/ncStem/index.html。© 作者 2024。牛津大学出版社出版。

SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN 联盟是一个全国性的分子分析项目，采用人工智能驱动的多组学分析对晚期恶性肿瘤患者进行分析，旨在开发新的治疗方法和诊断方法，并向患者提供有效的药物。与此同时，评估基于分子残留疾病的可切除实体瘤精准医学的研究（包括 CIRCULATE-Japan）正在进行中。这些平台生成的大量数据存储在最先进的超级计算基础设施 VAPOR CONE 中。自2015年以来，截至2023年12月，我们的项目已注册超过24,000名患者。在MONSTAR-SCREEN项目注册的16,144名晚期实体瘤患者中，5.0%参与了匹配临床试验，客观缓解率为29.2%，中位生存期为14.8个月（95% 置信区间，13.4-16.3），对于在匹配的临床试验中接受治疗的患者。值得注意的是，与未接受匹配治疗的患者相比，接受匹配治疗的患者总生存期显着延长（风险比 0.77；95% 置信区间，0.71-0.83）。

胰腺导管腺癌 (PDAC) 是一种越来越多的癌症，它导致 90% 的患者死亡，其中大多数患者接受姑息化疗。我们鉴定出神经元五聚蛋白 1 (NPTX1) 是一种癌症分泌蛋白，在转移过程中在人类和小鼠 PDAC 细胞中过度表达，并鉴定出以 Ig 样结构域 2 (AMIGO2) 作为其受体的粘附分子。分子、遗传、生化和药理学实验表明，分泌的 NPTX1 细胞自主地作用于 AMIGO2 受体，驱动 PDAC 转移定植于肝脏（PDAC 转移的主要部位）。 NPTX1-AMIGO2 信号传导增强缺氧生长，并且是缺氧诱导因子 1a (HIF1a) 核保留和功能所必需的。 NPTX1 在人类 PDAC 肿瘤中过度表达，并在肝转移中上调。使用高亲和力单克隆抗体靶向 NPTX1 进行治疗可显着减少 PDAC 肝转移定植。因此，我们将 NPTX1-AMIGO2 确定为 PDAC 中 HIF1a 缺氧反应的可药物化关键上游调节因子。

默克尔细胞癌 (MCC) 是一种侵袭性神经内分泌皮肤癌，对免疫检查点阻断 (ICB) 疗法的缓解率约为 50%。为了识别预测生物​​标志物，我们将来自 116 名患者的 186 个样本队列的批量和单细胞 RNA 序列与空间转录组学相结合，其中包括来自 ICB 前后 14 个匹配对的批量 RNA 序列。在无反应者中，肿瘤显示出肿瘤增殖、神经元干细胞标记物和 IL-1 增加的证据。应答者增加了 I/II 型干扰素和预先存在的组织驻留 (Trm) CD8 或 Vd1 gd T 细胞，这些细胞在功能上与重叠的抗原特异性转录程序和公共 TCR 的克隆扩增相融合。空间转录组学证明 T 细胞与 B 细胞和树突状细胞共定位，提供趋化因子和共刺激。最后，ICB 显着增加了肿瘤中 Trm 和 Vd1 细胞的克隆扩增或募集，特别是在应答者中，强调了它们的治疗重要性。这些数据确定了 MCC 的潜在临床可操作生物标志物和治疗靶点。

Hippo 信号通路在人类癌症中通常失调，这导致肿瘤对 YAP/TAZ 转录共激活因子的强烈依赖。在这里，我们使用旁系同源共靶向 CRISPR 筛选来鉴定激酶 MARK2/3 作为不同癌症和肉瘤中 YAP/TAZ 功能的绝对催化要求。这一观察结果的基础是 NF2 和 YAP/TAZ 的直接 MARK2/3 依赖性磷酸化，它有效逆转 Hippo 模块激酶 LATS1/2 的肿瘤抑制活性。为了模拟 MARK2/3 的靶向，我们将来自幽门螺杆菌的 CagA 蛋白改造为 MARK2/3 的催化抑制剂，我们证明它可以消退体内已形成的肿瘤。总之，这些发现揭示了 MARK2/3 在人类癌症中与 YAP/TAZ 具有强大的相互依赖性；可能允许恢复 Hippo 通路介导的肿瘤抑制的药理学目标。

肿瘤中铁的积累有助于疾病进展和化疗耐药。虽然靶向这一过程可以影响癌症的各种特征，但铁螯合在肿瘤微环境中的免疫调节作用尚不清楚。在此，我们报告使用去铁酮（FDA 批准的铁螯合剂）治疗可释放抑制卵巢癌的先天免疫反应。去铁酮将卵巢癌细胞重编程为免疫刺激状态，其特征是产生 I 型干扰素 (IFN) 和激活自然杀伤 (NK) 细胞的分子过度表达。从机制上讲，这些效应是由细胞质中线粒体 DNA 的先天感知以及铁螯合引发的核 DNA 损伤反应的伴随激活驱动的。去铁酮与化疗协同作用，通过增强 I 型干扰素反应来延长卵巢癌小鼠的生存期，从而驱动 NK 细胞依赖性控制转移性疾病。因此，铁螯合可能代表了一种替代免疫治疗策略，用于治疗目前以 T 细胞为中心的治疗方法难以治疗的恶性肿瘤。

高危神经母细胞瘤的复发率仍然非常高。尚未确定导致复发的恶性细胞，并且对治疗耐药的机制仍知之甚少。在这里，我们使用单核 RNA 测序和批量全基因组测序，从接受高风险神经母细胞瘤诱导化疗的患者的 20 个匹配的诊断和确定性手术肿瘤样本中鉴定和表征化疗后存活的残留恶性持续细胞。我们发现，持久细胞具有共同的化疗逃逸机制，包括抑制 MYCN 活性和激活 NF-κB 信号传导，后者通过恶性细胞与肿瘤微环境之间的细胞间通讯进一步增强。总的来说，我们的工作剖析了高风险神经母细胞瘤中细胞持续存在的转录景观，并为开发新的治疗策略以预防疾病复发铺平了道路。

针对 CTLA-4 的传统免疫检查点抑制剂 (ICI) 可以实现持久生存，但主要是针对免疫炎症肿瘤患者。尽管对抗 CTLA-4 反应的机制仍知之甚少，但 Fc-γ 受体 (FcγR) IIIA 共同参与似乎对活性至关重要，这可能解释了已批准的抗 CTLA-4 抗体的适度临床益处。我们证明，为增强 FcγR 亲和力而设计的抗 CTLA-4 利用 FcγR 依赖性机制来增强 T 细胞反应性、减少瘤内 Tregs 并增强抗原呈递细胞活化。与传统的抗 CTLA-4 相比，Fc 增强的抗 CTLA-4 在小鼠模型中具有卓越的功效，并重塑了先天性和适应性免疫。这些发现扩展到接受 Botensilimab（一种 Fc 增强型抗 CTLA-4 抗体）治疗的患者，该抗体对多种免疫原性差和 ICI 治疗难治性癌症具有临床活性。功效与肿瘤新抗原负荷或 FcγRIIIA 基因型无关。然而，FcγRIIA 和 FcγRIIIA 表达成为潜在的反应生物标志物。这些数据凸显了 Fc 增强型抗 CTLA-4 抗体在对传统 ICI 疗法无反应的癌症中的治疗潜力。