食管鳞状细胞癌（ESCC）由于其侵袭性和普遍预后不良而面临重大的临床和治疗挑战。我们启动了一项 II 期临床试验 (ChiCTR1900027160)，以评估开创性的新辅助化疗免疫治疗方案的疗效，该方案包括程序性死亡 1 (PD-1) 阻断（特瑞普利单抗）、纳米颗粒白蛋白结合紫杉醇 (nab-紫杉醇) 和口服氟嘧啶衍生物 S-1，用于局部晚期 ESCC 患者。这项研究独特地将临床结果与使用成像质谱流式细胞术 (IMC) 的先进空间蛋白质组学分析相结合，以阐明肿瘤微环境 (TME) 内的动态，重点关注耐药性和反应的机械相互作用。六十名患者参与其中，在手术切除前接受联合治疗。我们的研究结果表明，62% 的患者出现主要病理缓解 (MPR)，29% 的患者出现病理完全缓解 (pCR)。 IMC 分析提供了详细的区域评估，揭示了免疫细胞的空间排列，特别是三级淋巴结构 (TLS) 内的 CD8 T 细胞和 B 细胞，以及纤维化区域中的 S100A9 炎症巨噬细胞，可以预测治疗结果。采用支持向量机 (SVM) 和随机森林 (RF) 分析等机器学习方法，我们确定了与耐药性相关的关键空间特征，并开发了药物反应预测模型，实现了 97% 的曲线下面积 (AUC) 。这些见解强调了将空间蛋白质组学整合到临床试验中以彻底剖析 TME 动态的重要作用，为 ESCC 个性化和精确的癌症治疗策略铺平道路。这种整体方法不仅增强了我们对耐药性背后机制基础的理解，还为优化 ESCC 治疗干预奠定了坚实的基础。© 2024。作者，获得 Springer Nature Limited 的独家许可。

腹膜转移是导致胃癌预后不良的最常见危险因素之一。我们之前报道过胃癌细胞的细胞外囊泡可以促进腹膜转移。然而，它们对缺氧条件下胃癌诱导的腹膜转移的影响仍不清楚。本研究旨在阐明耐缺氧胃癌细胞来源的细胞外囊泡如何影响常氧胃癌细胞的腹膜转移。蛋白质组学分析显示，耐缺氧胃癌细胞及其相应的细胞外囊泡中 Caveolin1 和层粘连蛋白 β2 的水平升高。重要的是，Caveolin1被发现在介导Laminin β2分选至耐缺氧胃癌细胞的细胞外囊泡中发挥核心作用，随后，细胞外囊泡相关的Laminin β2通过激活AKT途径促进常氧胃癌细胞的腹膜转移。进一步研究证实，Rho 相关卷曲螺旋激酶 1 介导的 Y14 残基磷酸化对 Caveolin1 的激活是促进层粘连蛋白 β2 分选至细胞外囊泡的关键因素。此外，Y14 磷酸化的 Caveolin1 通过激活 Rab11 增强了层粘连蛋白 β2 的分选。最后，我们的研究表明，对血浆细胞外囊泡相关的 Caveolin1 和细胞外囊泡相关的层粘连蛋白 β2 进行综合评估可以为胃癌腹膜转移的发生提供准确的预测工具。© 2024。作者，独家许可施普林格自然有限公司。

雄激素受体 (AR) 在前列腺癌 (PCa) 进展中至关重要，是一个关键的治疗靶点。 AR介导的基因调控涉及与核蛋白的复杂相互作用，其中许多介导和经历翻译后修饰，从而提供替代治疗途径。通过 PCa 细胞中的染色质蛋白质组学，我们鉴定了 SUMO 连接酶以及 AR 蛋白质网络中的核受体共调节因子和先锋转录因子。有趣的是，该网络显示出与 SUMO2/3 的显着关联。为了阐明 SUMO 化对 AR 染色质相互作用和随后基因调控的影响，我们使用 ML-792 (SUMOi) 抑制 SUMO 化。虽然雄激素通常会促进 SUMO2/3 和 AR 在染色质上的共存，但 SUMOi 会根据 AR 结合位点 (ARB) 的类型诱导不同的效应。 SUMOi 增强了 AR 对富含雄激素反应元件 (ARE) 的不可接近染色质区域的先锋样结合，并减少了其与 ARE 中稀疏但富含先锋转录因子基序的可接近染色质区域的相互作用。 SUMOi 影响的 ARB 对 AR 调节基因的影响不同；那些与 AR 介导的激活相关的细胞在细胞增殖的负调节中发挥作用，而那些与 AR 介导的抑制相关的细胞则参与模式的形成。总之，我们的研究结果强调了 SUMOylation 在塑造 AR 在 PCa 细胞中的作用方面的普遍影响，有可能揭示新的治疗策略。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表 Nucleic Acids Research 出版。

II 型拓扑异构酶 (topos) 是一类普遍存在的重要酶，可在 DNA 上形成短暂的酶结合双链断裂，称为切割复合物。这些裂解复合物在 DNA 上的位置和频率对于细胞功能、基因组稳定性以及许多临床上重要的抗癌和抗菌药物（例如抗生素）非常重要。喹诺酮类药物。我们开发了一种简单的高精度末端测序 (SHAN-seq) 方法，可在体外灵敏地绘制 DNA 上的 II 型拓扑切割复合物。使用 SHAN-seq，我们在超螺旋 pBR322 DNA 的数百个位点（大约每 10 bp 一个位点）检测到了大肠杆菌旋转酶和拓扑异构酶 IV 裂解复合物，频率相差两到三个数量级。这些站点包括以前确定的站点和 20-50 倍的新站点。我们表明，这些位点的裂解复合物的位置和频率是酶特异性的，并且在喹诺酮、环丙沙星存在的情况下显着变化，但不随DNA超螺旋手性（即负超螺旋与正超螺旋）变化。 SHAN-seq 精湛的灵敏度为 DNA 上旋转酶和拓扑异构酶 IV 切割复合物的分布提供了前所未有的单核苷酸分辨率视图。此外，这些酶可以比先前已知的相对较少的位点以更多数量级的位点切割 DNA，这一发现解决了这些酶如何解决整个基因组拓扑问题的明显悖论。 由牛津大学出版社代表核酸研究出版 2024 。

CircRNA是一种参与多种生物学功能和疾病的重要RNA分子，通常在肿瘤组织中表现出表达降低，发挥肿瘤抑制因子的作用，并提示其具有治疗癌症的潜力。然而，目前促进circRNA产生的方法是有限的。这项研究介绍了一种增强 circRNA 生物合成的新方法，称为 circRNA 促进 RNA (cpRNA)。 CpRNA 旨在补充前体 mRNA 内反向互补匹配 (RCM) 的侧翼序列，从而通过改善外显子环化促进 circRNA 形成。使用 split-GFP 报告系统，我们证明 cpRNA 显着增强 circGFP 的产生。优化确定了 cpRNA 促进 circRNA 生物发生的最佳条件，然后使用这些 cpRNA 来增加内源 circRNA 的产生。这些结果表明，cpRNA可以特异性增加癌细胞中RCM的内源性circRNA的产生，例如circZKSCAN1和circSMARCA5，从而通过调节circRNA相关途径抑制细胞增殖和迁移，展示了cpRNA的治疗潜力。机制研究还表明，cpRNA 部分通过拮抗 DHX9 的解旋功能来促进 circRNA 生物发生。总体而言，这些发现表明 cpRNA 代表了 circRNA 过度表达的一种有前景的策略，为以低 circRNA 水平为标志的疾病提供了潜在的治疗方法。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表 Nucleic Acids Research 出版。

肿瘤区域中正常大​​血管 (LBV) 的存在会影响定量动态对比增强磁共振成像 (DCE-MRI) 参数和肿瘤分类的评估。因此，需要从脑组织（包括瘤内区域）自动去除 LBV，以实现对肿瘤的客观评估。这项回顾性研究纳入了 103 名经组织病理学证实的脑肿瘤患者，这些患者接受了 MRI，包括 DCE-MRI 数据采集。进行定量 DCE-MRI 分析以计算各种参数，例如洗脱斜率 (Slope-2)、相对脑血容量 (rCBV)、相对脑血流量 (rCBF)、血浆体积分数 (Vp) 和体积转移常数（Ktrans）。提出了一种基于数据聚类算法、形态学操作和定量 DCE-MRI 图的方法，用于分割脑组织（包括肿瘤区域）中的正常 LBV。在这里，在两种类型的定量图上评估了三种广泛使用的数据聚类算法：（a）Slope-2，以及（b）新提出的 rCBV 和 Slope-2 图的组合。流体衰减反转恢复 MRI 高信号病变也使用基于深度学习的架构自动分割。 LBV分割的准确性由两名经验丰富的观察者进行盲目定性评估，并且还从每个个体获得Likert评分并使用Cohen's Kappa检验进行比较，并且在分割的肿瘤中获得定量DCE-MRI参数的多个统计特征。进行 t 检验和受试者工作特征 (ROC) 曲线分析，以比较去除 LBV 对参数以及肿瘤分级的影响。 k 均值聚类表现出更好的准确性和计算效率。去除 LBV 后，肿瘤，特别是高级别胶质瘤 (HGG) 在定量图上与正常组织相比显示出高对比度（相对差异百分比 = 18.5%）。肿瘤区域中所有参数的统计特征（第 95 个百分位值）在有和没有 LBV 图之间显示出统计显着差异 (p < 0.05)。用于区分低级别胶质瘤和 HGG 的 ROC 曲线分析也获得了类似的结果。此外，去除 LBV 后，rCBV、rCBF 和 Vp 图显示出更好的肿瘤区域可视化效果。© 2024 John Wiley

开发和验证与运动解析重建和基于字典匹配的参数估计相结合的数据采集方案，以实现自由呼吸各向同性分辨率自导航全肝同步水特定 T 1 $$ {\mathrm{T} }_1 $$ ( wT 1 $$ {\mathrm{wT}}_1 $$ ) 和 T 2 $$ {\mathrm{T}}_2 $$ ( wT 2 $$ {\mathrm{wT}}_2 $$ ）映射，用于表征弥漫性和肿瘤性肝病。所提出的数据采集包括磁化准备脉冲和具有径向堆栈星轨迹的双回波梯度回波读数，用不同的准备重复以实现不同的 T 1 $ $ {\mathrm{T}}_1 $$ 和 T 2 $$ {\mathrm{T}}_2 $$ 在 6 min 的固定采集时间中进行对比。使用自导航进行规则化重建，以解释自由呼吸采集期间的运动，然后进行水脂分离。应用序列的 Bloch 模拟来优化 3 T 时 B 1 $$ {B}_1 $$ 不敏感的序列时序，以校正松弛引起的模糊，并映射 T 1 $$ {\mathrm{T}} _1 $$ 和 T 2 $$ {\mathrm{T}}_2 $$ 使用字典。所提出的方法在具有不同松弛特性的水脂模型上进行了验证，并在 10 名志愿者中根据成像和光谱参考值进行了验证。该方法的性能和稳健性在五名患有腹部病变的患者中进行了评估。模拟表明该方法在测量 T 1 $$ {\mathrm{T}}_1 $ 方面具有良好的 B 1 $$ {B}_1 $$ 不敏感性$ 和 T 2 $$ {\mathrm{T}}_2 $$ 值。所提出的方法产生共同配准的 wT 1 $$ {\mathrm{wT}}_1 $$ 和 wT 2 $$ {\mathrm{wT}}_2 $$ 映射，与参考方法非常一致（幻影：wT 1 = 1 . 02 wT 1,ref - 8 . R 2 = 0 .$$ {\mathrm{wT}}_1=1.02\kern0.1em {\mathrm{wT}}_{1,\mathrm{ref }}-8.93\kern0.1em \mathrm{ms},{R}^2=0.991 $$ ; wT 2 = 1 . 03 wT 2,ref 0 . R 2 = 0 {\mathrm {wT}}_2=1.03\kern0.1em {\mathrm{wT}}_{2,\mathrm{ref}} 0.73\kern0.1em \mathrm{ms},{R}^2=0.995 $$ )。所提出的 wT 1 $$ {\mathrm{wT}}_1 $$ 和 wT 2 $$ {\mathrm{wT}}_2 $$ 映射表现出良好的可重复性，并且可以在患有病理的患者中稳健地执行。所提出的方法允许整体-liver wT 1 $$ {\mathrm{wT}}_1 $$ 和 wT 2 $$ {\mathrm{wT}}_2 $$ 在自由呼吸期间在固定采集时间内以各向同性分辨率进行高精度定量。© 2024作者。约翰·威利 (John Wiley) 出版的《生物医学中的核磁共振》

靶向癌症治疗是目前已建立的癌症治疗的一种有前景的替代方案，旨在选择性地杀死癌细胞，同时保护健康组织。因此，分子靶向剂，例如单克隆抗体，被用来特异性结合癌细胞表面标志物。尽管这些药物在临床上取得了巨大的成功，但仍然存在局限性，例如肿瘤渗透性低和脱靶效应。为了克服这一限制，我们设计了由 ADAPT6 和辣根过氧化物酶 (HRP) 两种蛋白组成的新型融合蛋白。癌细胞靶向是通过小支架蛋白 ADAPT6 实现的，该蛋白被设计为特异性结合人表皮生长因子受体 2 (HER2)，这是一种在各种癌症类型中过度表达的细胞表面标记物，而 HRP 酶则氧化无毒的前药 indole-3-乙酸（IAA）会导致自由基的形成，从而对癌细胞产生细胞毒性作用。 ADAPT6-HRP 融合蛋白仍然存在对 HER2 的高亲和力以及 HRP 的酶活性。此外，使用 HER2 阳性 SKOV-3 细胞进行的体外细胞毒性测定揭示了融合蛋白相对于游离 HRP 的明显优势，因为融合蛋白直接与癌细胞结合，从而持续杀死细胞。这种结合 ADAPT6 和 HRP 的新策略代表了一种有前景的方法，也是靶向癌症治疗的抗体偶联的可行替代方案。版权所有 © 2024 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

儿童毛细胞星形细胞瘤（PPA）在初次切除后需要长期随访。 PPA 患者的过渡护理情况尚不明确。作者试图检查这些患者的临床病程以及向成人护理的过渡，以更好地描述改善长期护理的机会。 2000 年 5 月至 11 月期间接受 PPA 活检或切除的儿科患者（诊断时年龄小于 18 岁）作者对2022年大型学术中心进行了回顾性回顾。通过图表审查从电子病历中提取患者人口统计数据、肿瘤特征、复发、辅助治疗和随访数据。对截至 2024 年 1 月 1 日年满 18 岁的患者的图表进行了成人随访记录。作者确定了 2000 年 5 月至 2022 年 11 月期间接受 PPA 活检或切除术的 315 名患者。最常见的肿瘤位置是187 例患者（59.4%）实现了后颅窝切除（59.7%）和大体全切除（GTR）。与非 GTR 患者相比，GTR 患者的进展/复发发生频率较低（8.6% vs 41.4%，p < 0.01）。作者发现，在 177 名符合过渡到成人护理年龄的患者中，有 31 名 (17.5%) 成功过渡。从儿科过渡到成人护理的平均年龄为 21.7 岁，最后一次已知成人随访的平均年龄为 25.0 岁。作者发现，与未转为成人护理的患者相比，转为成人护理的患者随访时间更长（12.5 年 vs 7.0 年，p < 0.01），且诊断年龄较大（12.1 年 vs 9.6 岁，p < 0.01）。作者发现， PPA 从儿科护理过渡到成人护理的成功率较低； 17.5% 的符合年龄条件的患者现在由成人提供者照顾，而另外 18.6% 的患者在儿童时期完成了适当的随访，不需要过渡到成人护理。这些发现强调了 PPA 患者从儿科到成人过渡过程的改善机会，特别是对于那些至少 10 年没有随访的非 GTR 患者，在此期间疾病进展的风险被认为是最高的。

软脑膜吻合术或软脑膜侧支动脉对于缺血性中风后恢复脑血流量（CBF）至关重要。血管平滑肌细胞（VSMC）被假设可以调节这种适应性反应的程度，而这一过程背后的具体分子机制仍在研究中。 SNHG12 是一种长链非编码 RNA，已被证明可以影响多种与血管生成相关的疾病，包括骨肉瘤和胃癌。然而，SNHG12 在侧支动脉生成相关中风期间收缩性 VSMC 去分化中的作用仍不清楚。在此，我们证明 SNHG12 是 MMP9 和 VSMC 去分化的正调节因子，可增强脑血管闭塞后软脑膜侧支动脉的生成。软脑膜侧支重塑受到 VSMC 中 SNHG12-MMP9 信号之间串扰的限制，该串扰是通过排斥性引导分子 a (RGMa) 调节介导的。因此，靶向 SNHG12 可能代表一种改善侧支功能、神经组织健康和缺血性中风后功能恢复的治疗策略。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。