LARC患者通常接受辅助治疗，但隐藏的微转移仍然限制了OS的改善。本研究旨在探讨VASN对直肠癌肺转移的影响，了解其潜在的分子机制，以指导辅助化疗的选择。测序数据来自中山大学肿瘤防治中心（SYSUCC）和公开的直肠癌肺转移患者的测序数据数据经过仔细分析。 VASN 在肺转移中的功能作用在体内和体外得到了验证。进行免疫共沉淀 (co-IP)、免疫荧光和救援实验来揭示 VASN 的潜在分子机制。此外，还检查并分析了肿瘤样本中 VASN 表达水平与肺转移状态、肿瘤分期、辅助化疗获益和生存结果的相关性。我们的研究揭示了 LARC 患者高 VASN 表达与肺转移之间的显着相关性。体外和体内实验表明，VASN可以促进结直肠癌的细胞增殖、转移和耐药性。从机制上讲，VASN 与 NOTCH1 蛋白相互作用，导致 NOTCH 和 MAPK 通路同时激活。临床上，VASN阳性患者和VASN高患者中分别有90%和53.5%的患者出现肺转移和晚期肿瘤分期，VASN高患者的五年生存率低于VASN低患者（26.7%）。对比 83.7%）。此外，Cox分析和OS分析表明VASN是OS的独立预后因素（HR = 7.4，P值 < 0.001）和直肠癌辅助治疗效果的预测因子。我们的研究强调了VASN在降低药物敏感性中的作用激活NOTCH和MAPK通路，导致肿瘤发生和肺转移。实验和临床数据均支持活检中检测到 VASN 过度表达的直肠癌患者发生肺转移和辅助化疗耐药的风险较高。© 2024。作者。

人表皮生长因子受体2阳性（HER2）乳腺癌（BC）约占所有乳腺癌的五分之一，具有高度侵袭性、复发率高和预后不良的特点。多项研究表明，生长因子受体结合蛋白 7 (GRB7) 可能是肿瘤诊断和预后的潜在治疗靶点。然而，GRB7在HER2 BC中的作用及其潜在机制尚未完全阐明。本研究旨在探讨GRB7在HER2 BC中的生物学功能和调控机制。利用TCGA、GEO和CancerSEA数据库进行生物信息学分析，评估GRB7的临床意义。采用RT定量PCR、蛋白质印迹和免疫荧光来评估GRB7在BC细胞系和组织中的表达。采用MTT、EdU、集落形成、伤口愈合、Transwell和异种移植实验来探讨GRB7在HER2 BC中的生物学功能。 SK-BR-3细胞转染GRB7 siRNA后，进行RNA测序来分析与GRB7相关的信号通路。采用染色质免疫沉淀分析（ChIP）和荧光素酶报告基因检测来阐明GRB7在HER2 BC中的潜在分子调控机制。GRB7显着上调，并且与BC，尤其是HER2 BC中的不良预后相关。 GRB7 的过表达增加了 HER2  BC 细胞的增殖、迁移、侵袭和集落形成，而 GRB7 的缺失在 HER2  BC 细胞中具有相反的作用并抑制异种移植物生长。 ChIP-PCR和荧​​光素酶报告基因检测显示TCF12直接结合GRB7基因的启动子以促进其转录。 GRB7 通过与 Notch1 相互作用激活 Wnt/β-catenin 通路和其他信号传导（即 AKT、ERK），促进 HER2  BC 上皮间质转化 (EMT) 进展。此外，强迫GRB7过度表达激活Wnt/β-catenin促进EMT进展，并部分挽救TCF12沉默诱导的HER2 BC增殖、迁移和侵袭的抑制。我们的工作阐明了GRB7在HER2 BC中的致癌作用，这可以作为预后指标和有希望的治疗目标。© 2024。作者。

干燥综合征 (SS) 是一种罕见的慢性自身免疫性疾病，主要影响成年女性，其特征是慢性炎症以及唾液腺和泪腺功能障碍。它通常与系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和肾脏疾病有关，这些疾病可能导致死亡率增加。早期诊断至关重要，但诊断 SS 的传统方法（主要通过唾液腺组织的组织病理学评估）具有局限性。该研究使用了 100 个唇腺活检，创建全幻灯片图像 (WSI) 进行分析。该模型被称为基于细胞组织图的病理图像分析模型（CTG-PAM），基于图论，表征了单细胞特征、细胞与细胞特征和细胞-组织特征。基于这些功能，CTG-PAM 实现了细胞级分类，从而实现淋巴细胞识别。此外，它利用细胞图结构中的连通成分分析技术，根据淋巴细胞计数进行 SS 诊断。CTG-PAM 在诊断 SS 方面优于传统的深度学习方法。内部验证数据集的受试者工作特征曲线下面积 (AUC) 为 1.0，外部测试数据集的受试者工作特征曲线下面积为 0.8035。这表明准确性高。 CTG-PAM对外部数据集的敏感度为98.21%，准确度为93.75%。相比之下，传统深度学习方法（ResNet-50）的灵敏度和准确性较低。该研究还表明，与初学者相比，CTG-PAM 的诊断准确性更接近熟练的病理学家。我们的研究结果表明，CTG-PAM 是诊断 SS 的可靠方法。此外，CTG-PAM 在改善 SS 患者的预后方面显示出希望，并且在非肿瘤性和肿瘤性疾病的鉴别诊断方面具有巨大的潜力。 AI 模型有可能将其应用扩展到诊断肿瘤微环境中的免疫细胞。© 2024。作者。

成簇规则间隔短回文重复 (CRISPR)/Cas9 系统是基因工程领域的一项突破性创新，彻底改变了我们克服复杂疾病的方法，最终导致 CASGEVY™ 被批准用于治疗镰状细胞性贫血。 CRISPR/Cas9源自微生物免疫防御机制，具有基因编辑的精确性、可操作性和通用性，已成为精确操作哺乳动物DNA的多功能工具。在将其应用于实践的过程中，对新的直系同源物和变体的不断开发从未停止。它有利于了解疾病特别是癌症的本质，对诊断、预防和治疗至关重要。 CRISPR/Cas9 不仅用于研究肿瘤基因的功能，还用于模拟不同的癌症，为肿瘤生物学、耐药性和免疫逃避提供有价值的见解。在癌症治疗中，CRISPR/Cas9有助于开发个体化和精确的癌症疗法，可以选择性地激活或失活肿瘤细胞内的基因，旨在削弱肿瘤的生长和侵袭并使癌细胞对治疗敏感。此外，它还促进创新疗法的开发，提高重编程免疫细胞的靶向效率，CAR-T疗法的进步就是例证。除了治疗之外，它还是筛查易感基因的有效工具，提供了在肿瘤发生或进展之前进行干预的可能性。然而，尽管其潜力巨大，但 CRISPR/Cas9 在癌症研究和治疗中的应用伴随着显着的功效、效率、技术和安全性考虑。需要不断升级的技术创新来解决这些问题。 CRISPR/Cas9 系统正在彻底改变癌症研究和治疗，为我们对癌症的理解和管理开辟新途径。这种不断发展的技术与临床实践的整合预示着精准肿瘤学的新时代，为癌症患者提供有针对性的、个性化的和潜在的治愈性治疗。© 2024。作者。

尽管免疫检查点抑制剂（抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗CTLA-4抗体）在恶性肿瘤的治疗中取得了相当的成功，但对于部分患者来说，治疗效果仍不理想。因此，必须制定策略来增强这些 ICI 的效果。越来越多的证据强烈表明，这个问题的关键在于将肿瘤免疫微环境从无免疫浸润或低免疫浸润状态转变为高免疫浸润状态，并增强T细胞的肿瘤细胞杀伤作用。因此，提出了一些组合策略，本综述总结了 39 种旨在提高 ICI 有效性的策略，其中包括 10 种临床方法和 29 种基础研究策略的组合。此外，这篇综述提高了对 ICI 联合治疗的全面理解，并激发了肿瘤免疫治疗的新想法。© 2024。作者。

ERAP2 是一种参与抗原加工和呈递的氨肽酶，并含有与炎症性肠病 (IBD) 等多种炎症性疾病相关的遗传变异。小鼠中缺乏 ERAP2 基因同源物阻碍了功能研究，大多数人类研究都集中在造血来源的细胞上。本研究以 IBD 生物库为有利位置，探讨了 ERAP2 的遗传变异如何影响人源性上皮类器官在促炎刺激下的基因表达。针对两个单核苷酸多态性 (SNP) (rs2910686/rs2248374) 对 IBD 患者队列进行了基因分型。与 ERAP2 表达水平相关，我们检查了结肠基因表达与基因型之间的相关性，特别是旨在建立与 ERAP2 表达水平的关系。建立了具有已知 ERAP2 基因型的人源结肠类器官（colonoids），并用于探索 ERAP2 缺陷（n = 4）和 ERAP2 丰富（n = 4）供体在促炎症反应时全基因组基因表达的差异。考虑到rs2910686基因型，ERAP2基因表达在IBD患者发炎结肠中上调。集落在 IFNɣ 刺激下上调 ERAP2，并且 ERAP2 表达能力取决于 rs2910686 基因型。结肠样基因分型证实，独立于经常研究的 SNP rs2248374 的机制可导致 ERAP2 缺陷。在促炎刺激下，ERAP2 丰富和缺乏的结肠样细胞中共有 586 个涉及各种分子机制的基因存在差异表达，包括编码具有以下分子功能的蛋白质的基因：催化活性（AOC1、CPE、ANPEP 和 MEP1A）、调节活性（TNFSF9） 、MDK、GDF15、ILR6A、LGALS3 和 FLNA）、跨膜转运蛋白活性（SLC40A1 和 SLC5A1）以及细胞外基质结构成分（FGL2、HMCN2 和 MUC17）。 ERAP2 在发炎的 IBD 结肠粘膜中表达上调，且表达熟练度高与rs2910686的基因型相关。虽然 SNP rs2248374 通常用于确定 ERAP2 表达能力，但我们的数据证实，独立于该 SNP 的机制可能导致 ERAP2 缺陷。我们的数据表明，上皮 ERAP2 的存在会影响结肠中的炎症反应，表明 ERAP2 在 MHC I 类抗原处理之外具有多效性作用。© 2024。作者。

环状 RNA (circRNA) 是一类内源性非编码 RNA，其特征是缺乏 5' 帽和 3' Poly(A) 尾。这些分子引起了科学界的广泛关注。已发现多种circRNA类型在人体的各个组织中表达，表现出高丰度、显着的稳定性和组织特异性表达模式等独特特征。这些属性及其在血浆等液体活检样本中的可检测性，使 circRNA 成为癌症诊断和预后生物标志物的理想选择。此外，多项研究报道，circRNA的功能与肿瘤增殖、转移和耐药性相关。它们通过多种机制实现这一目标，包括调节亲本基因表达、调节基因转录、充当 microRNA (miRNA) 海绵以及编码功能蛋白。近年来，大量研究集中在体外合成circRNA并将其递送至肿瘤组织以发挥其抑制肿瘤进展的作用。在此，我们简要讨论了 circRNA 的生物发生、特征、功能和检测，强调了它们作为癌症诊断和预后生物标志物的临床潜力。我们还概述了合成 circRNA 的最新技术和递送策略，并概述了工程化 circRNA 在临床癌症治疗中的应用。© 2024。作者。

类器官被美国 FDA 批准作为动物实验的替代品，用于指导药物开发和敏感性筛查。稳定的胃癌类器官模型对于个性化医疗和药物筛选来说是理想的选择。收集原发性胃癌和转移性淋巴结癌的肿瘤组织进行3D培养。通过体外长期培养50代以上，获得稳定生长的类器官系。我们分析了癌细胞的短串联重复序列（STR）和核型、裸鼠类器官的肿瘤发生以及类器官的多组学特征。采用CCK8方法测定药物对氟尿嘧啶(5-Fu)、铂类和紫杉醇的敏感性。建立了具有独特STR和核型的原发癌(SPDO1P)和转移性淋巴结(SPDO1LM)的配对类器官系。类器官系导致体内肿瘤发生并具有清晰的遗传图谱。与原发癌SPDO1P相比，转移淋巴结SPDO1LM上调基因在上皮间质转化和血管生成通路中富集，具有更强的细胞迁移、侵袭和促血管生成能力。根据药物敏感性分析，采用SOX方案（5-Fu加奥沙利铂）进行化疗，具有最佳的临床结果。类器官线概括了亲代组织的药物敏感性。成对的类器官系向活体生物库的进一步转化应用迈出了一步。© 2024。作者。

解码人类基因组序列需要对 DNA 序列功能进行全面分析。通过计算和实验方法，研究人员研究了基因型与表型的关系，并生成了重要的数据集，有助于解开复杂的遗传蓝图。因此，最近开发的人工智能方法可用于解释这些 DNA 序列的功能。本研究探讨了深度学习的使用，特别是预训练的基因组模型（如 DNA_bert_6 和 human_gpt2-v1）在解释和表示人类基因组序列中的用途。最初，我们精心构建了多个连接基因型和表型的数据集，以微调这些模型以实现精确的 DNA 序列分类。此外，我们评估了序列长度对分类结果的影响，并使用 HERV 数据集分析了模型隐藏层中特征提取的影响。为了增强我们对模型识别的表型特异性模式的理解，我们对具有高平均局部代表性权重 (ALRW) 分数的人内源性逆转录病毒 (HERV) 序列中的特定基序进行富集、致病性和保守性分析。我们构建了多个基因型-与随机基因组序列相比，表型数据集显示出值得称赞的分类性能，特别是在 HERV 数据集中，它实现了二分类和多分类精度，F1 值分别超过 0.935 和 0.888。值得注意的是，HERV 数据集的微调不仅提高了我们识别和区分 DNA 序列中不同信息类型的能力，而且还成功识别了 ALRW 得分高的区域中与神经系统疾病和癌症相关的特定基序。对这些基序的后续分析揭示了物种对环境压力的适应性反应及其与病原体的共同进化。这些发现强调了预先训练的基因组模型在学习 DNA 序列表示方面的潜力，特别是在使用 HERV 数据集时，并提供为未来的研究工作提供宝贵的见解。这项研究代表了一种创新策略，将预先训练的基因组模型表示与分析基因组序列功能的经典方法相结合，从而促进基因组学和人工智能之间的交叉融合。© 2024。作者。

多形核巨细胞（PGC）的多药耐药性决定了它们在癌症生态系统中的细胞保护和繁殖潜力。然而，PGC 参与多形性胶质母细胞瘤 (GBM) 适应化疗方案的潜在机制仍不清楚。特别是，在从阿霉素 (DOX) 诱导的应激中恢复 GBM 方面，尚未考虑 PGC 的代谢重编程。长期蛋白质组学和代谢细胞分析用于追踪接受脉冲 DOX 治疗的 GBM 群体的表型动态。体外，特别关注 PGC 的形成及其代谢背景。评估了 PGC 的代谢重编程、耐药性和药物保留能力之间的联系，以及它们对 GBM 从 DOX 诱导的应激中恢复的重要性。脉冲 DOX 治疗触发了 PGC 的短暂形成，随后出现了小膨胀细胞 (SEC) ) 簇。 PGC 的发育伴随着其代谢蛋白质组的动员、氧化磷酸化 (OXPHOS) 的瞬时诱导以及 NADH、NADPH 和 ATP 的细胞内差异积累。 PGC 形成的代谢背景通过 GSK-3β、OXPHOS 和戊糖磷酸途径的化学抑制后 GBM 从 DOX 诱导的应激中恢复的减弱得到证实。同时，观察到 PGC 中活性氧 (ROS) 清除系统的动员和 NADPH 依赖性 ROS 产生系统的微调。这些过程伴随着 ABCB1 和 ABCG2 转运蛋白的核周动员以及核周 PGC 区室中 DOX 的保留。这些数据证明了 GBM 从 DOX 诱导的应激中恢复的协同模式以及 PGC 代谢重编程在此过程中的关键作用。代谢重编程提高了自卫系统的效率，并增加了 PGC 的 DOX 保留能力，可能会降低 SEC 附近的 DOX 生物利用度。因此，PGC 代谢的调节被强调为胶质母细胞瘤治疗干预的潜在目标。© 2024。作者。