肿瘤引流淋巴结（TDLN）通常是肺癌肿瘤转移的第一站。 TDLN 具有独特的病理形态学和肿瘤微环境 (TME) 组成模式，仍需要在肺腺癌 (LUAD) 中进行彻底研究。在这里，我们在 2015 年至 2019 年间从我们的机构招募了 312 名患有 TDLN 的 LUAD 患者。使用 3DHISTECH 扫描了所有 TDLN。根据形态特征，TDLN 模式分为极化型或分散型，TME 成分模式分为胶体型、坏死型、特异性型和普通型。多变量分析显示，早期复发风险增加与分散型（HR 2.37，95% CI：1.06-5.28）、胶体型（HR 1.95，95% CI：1.03-3.67）和坏死型（HR 2.21）相关。 ，95% CI：1.13-4.89）。 NanoString 转录分析揭示了分散和坏死模式的免疫抑制和血管侵袭标志，以及极化和常见模式的免疫激活标志。根据成像质量流式细胞仪（IMC）显示，散在和坏死的模式表明生发中心（GC）受损，GCB细胞和T细胞增殖缺陷，肿瘤细胞具有增殖潜力，免疫攻击可能较弱。在这项研究中，我们提供的证据表明 LUAD 患者具有与其预后相关的独特 TDLN 模式和免疫特征。© 2024。作者。

具有 BRCA1/2 缺陷的癌细胞对聚 (ADP-核糖) 聚合酶 (PARP) 抑制剂敏感。我们评估了他拉佐帕尼对 DNA 损伤修复 (DDR) 改变患者的疗效。在这项 II 期试验中，患者根据分子改变被纳入四个队列之一：(1) 体细胞 BRCA1/2、(2) 其他同源重组修复途径、(3) PTEN 和 (4) 种系 BRCA1/2。主要终点是临床获益率 (CBR)：完全缓解、部分缓解或疾病稳定≥24 周。共有 79 名接受中位数治疗 4 种疗法的患者入组。队列 1-4 的 CBR 分别为：32.5%、19.7%、9.4% 和 30.6%。 PTEN 突变与生存率降低和进展时间缩短的趋势相关。Talazoparib 在选定的 DDR 改变的患者中显示出临床益处。 PTEN 突变/缺失患者获得的临床获益有限。需要进一步研究来确定 PTEN 是否可以预测或预测 PARP 抑制剂的反应。© 2024。作者。

SARIFA 最近被引入作为一种组织形态学生物标志物，对结直肠癌、胃癌、前列腺癌和胰腺癌具有强大的预后能力。其特点是肿瘤细胞与脂肪细胞由于缺乏基质反应而直接接触。这可以在常规可用的 H 上轻松评估

本病例报告描述了 selpercatinib（一种选择性 RET 抑制剂）在具有 CCDC6::RET 融合的大细胞神经内分泌胰腺癌 (LCNEPAC) 的罕见病例中的疗效。在 LOXO-RET-17001 研究中，一名有多种系统治疗史的 56 岁男性在开始使用 selpercatinib 后不久就表现出明显的临床改善（ClinicalTrials.gov ID：NCT03157128，首次发布：2017-05-17）。来自患者智能手表的数据表明，在血清肿瘤标记物和 CT 成像等常规方法确认抗肿瘤活性之前，该药物已显示出早期疗效。该案例不仅强调了selpercatinib治疗RET融合阳性罕见肿瘤的功效，也凸显了可穿戴技术在癌症治疗中的潜力。总之，市售可穿戴设备的标准读数可用于监测对靶向治疗的治疗反应，并可作为临床试验中的数字生物标志物。这种方法标志着以患者为中心的医疗保健的重大进步，利用技术提高治疗评估的有效性和精确度。© 2024。作者。

由于胆道癌（BTC）的患病率较低，发现和验证胆道癌（BTC）的诊断或治疗生物标志物具有挑战性。在此，我们鉴定并研究了 BTC 中由 1;14 染色体易位引起的融合基因 Pumilio1-肿瘤坏死因子受体相关因子 3 (PUM1-TRAF3) 的临床影响。 PUM1-TRAF3 最初是在 5 个 BTC 手术组织的 RNA 测序中鉴定出来的，并通过荧光原位杂交得到证实。融合基因的表达在扩大的队列中得到验证（5/55，9.1%）。表达 PUM1-TRAF3 的 BTC 细胞的建立和分子评估表明，PUM1-TRAF3 通过 NF-κB 诱导激酶 (NIK) 激活非经典 NF-κB 信号传导。由 PUM1-TRAF3 和 TRAF3 与 NIK 竞争性结合驱动的异常 TRAF3 活性导致 NIK 救援，随后发生 P52/RelB 核易位，所有这些都被 NIK 抑制剂逆转。在患者组织的 PUM1-TRAF3 表达区域中观察到 NIK 表达升高并激活 NF-κB 信号传导。 PUM1-TRAF3 融合蛋白的表达与 NIK 的强表达显着相关，这与 BTC 患者的较差预后相关。总体而言，我们的研究确定了一种新的融合基因 PUM1-TRAF3，它可以激活 NIK 和非典型 NF-κB 信号传导，这可能有利于制定 BTC 的精确治疗策略。© 2024。作者。

肺腺癌（LUAD）是癌症死亡的主要原因，许多患者面临着不良预后，特别是那些患有转移性或耐药性肿瘤的患者。同源重组基因 (HRG) 在肿瘤进展和治疗耐药中至关重要，但它们在 LUAD 中的临床意义尚不清楚。在这项研究中，我们系统地描述了 LUAD 患者的关键 HRG，确定了与不同结果和生物功能相关的两种不同的 HR 亚型。我们建立了一个 5 基因评分系统（XRCC2、RAD51、BRCA1、FANCA 和 CHEK1），可以可靠地预测 LUAD 中的患者结果和免疫治疗反应。生物信息学分析和临床验证强调 XRCC2 作为 LUAD 的关键生物标志物。通过体内和体外实验的功能研究揭示了XRCC2在促进肺癌迁移和侵袭中的作用。从机制上讲，XRCC2 通过去泛素化稳定波形蛋白 (VIM) 蛋白的表达。我们预测 c-MYC 作为 XRCC2 的潜在调节剂，并证明用化合物 10058-F4 抑制 c-MYC 会降低 XRCC2 和 VIM 的表达。临床前研究表明，10058-F4 与阿霉素 (Dox) 联合使用时可协同抑制体内转移。我们的研究结果为 LUAD 预后提供了一种潜在的个性化预测工具，将 XRCC2 确定为关键的生物标志物。 c-Myc-XRCC2-VIM 轴成为克服肺转移的有前途的治疗靶点。这项研究为 LUAD 提供了宝贵的见解，提出了一种用于进一步临床验证的预后工具，并揭示了一种通过靶向 c-Myc-XRCC2-VIM 来对抗肺转移的潜在治疗策略。© 2024。作者。

单细胞 RNA 测序 (scRNAseq) 的最新进展促进了前列腺癌 (PCa) 中以前未被识别的亚型的发现，为癌症异质性和进展提供了新的见解。在这项研究中，我们整合了多项研究的 scRNAseq 数据，包括公开可用的队列和我们研究团队生成的数据，并建立了人类前列腺单细胞图谱 (HuPSA) 和小鼠前列腺单细胞图谱 (MoPSA) 数据集。通过综合分析，我们鉴定了两个新的双阴性 PCa 群体：以 KRT7 表达升高为特征的 KRT7 细胞和以 SOX2 和 FOXA2 表达为特征的祖样细胞，与 NEPCa 不同，并显示干细胞/祖细胞特征。此外，基于 HuPSA 的反卷积对人类 PCa 样本进行了重新分类，验证了这些新亚型的存在。然后，我们开发了一个用户友好的网络应用程序“HuPSA-MoPSA”（https://pcatools.shinyapps.io/HuPSA-MoPSA/），用于可视化所有新建立的数据集中的基因表达。我们的研究为 PCa 研究提供了全面的工具，并发现了可为临床诊断和治疗策略提供信息的新型癌症亚型。© 2024。作者。

液体活检正在成为儿科癌症生物标志物的替代来源，在从诊断到长期随访的患者护理的各个阶段都有潜在的应用。虽然报道了该领域的进展，但这些进展主要集中在专用项目上，例如特定的液体活检基质、分析物和/或单一肿瘤类型。据我们所知，缺乏全面的概述。在这里，我们回顾了最常见的非中枢神经系统儿童实体瘤液体活检研究的现状。这些包括神经母细胞瘤、肾肿瘤、生殖细胞肿瘤、骨肉瘤、尤文肉瘤、横纹肌肉瘤和其他软组织肉瘤以及肝脏肿瘤。在这个选择中，我们讨论了最重要或最近的研究，涉及基于液体活检的生物标志物、预期的临床应用以及当前成功的挑战。此外，我们根据 1989 年至 2023 年之间的综合文献检索，提供了每种肿瘤类型基于液体活检的生物标志物出版物产出的概述。根据确定的每项研究，我们列出了相关的基于液体活检的生物标志物、基质（例如外周血、骨髓或脑脊液）、分析物（例如，循环无细胞和肿瘤 DNA、microRNA 和循环肿瘤细胞）、方法（例如，数字液滴 PCR 和下一代测序）、涉及的儿科患者队列，以及拟议的应用程序。因此，我们确定了 344 种独特的出版物。总而言之，虽然儿科肿瘤学的液体活检领域仍然落后于成人肿瘤学，但潜在的相关出版物在过去十年中有所增加。重要的是，临床实施的步骤正在迅速取得进展，特别是通过在儿科临床试验中验证基于液体活检的生物标志物。© 2024。作者。

为了能够将肿瘤 HLA LOH 询问作为精准肿瘤学的临床诊断，我们开发并验证了一种在 FDA 批准的临床诊断测试 Tempus xT CDx 背景下检测 HLA LOH 的检测方法。验证通过以下方式进行：(1) 对 17 个存档患者样本和 42 个细胞系混合物进行分析评估，以及 (2) 对 10,982 名患者的 HLA-A 基因 (HLA-A LOH) 的 LOH 患病率进行独立临床评估。为了评估 HLA-A LOH 的预后相关性，我们评估了 256 名接受免疫疗法治疗的非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者。为了确定前瞻性识别 HLA-A LOH 患者并将其纳入临床试验的可行性，我们建立了 BASECAMP-1 (NCT04981119)。我们在肿瘤纯度≥40%的样本中观察到阳性预测一致性为97%，阴性预测一致性为100%。我们在 16.1% 的患者 (1771/10,982) 中观察到 HLA-A LOH，与之前的报告相当。 HLA-A LOH 与 NSCLC 腺癌患者的较长生存期相关（HR = 0.60，95% CI [0.37, 0.96]，p = 0.032），而鳞状细胞患者的生存期呈较短趋势（HR = 1.64，95% CI [0.37, 0.96]，p = 0.032）。 0.80, 3.41], p = 0.183)。在 20 个月内，我们使用 Tempus AWARE 计划前瞻性筛查了 1720 名受试者，在 8 个地点识别了 26 名 HLA-A*02 LOH 患者，其中 14 名 (54%) 纳入了 BASECAMP-1。总之，我们开发并验证了一种研究方法，可在 FDA 批准的临床诊断测试中检测肿瘤 HLA LOH，从而使 HLA LOH 在诊断、预后和治疗应用中得到利用。© 2024。作者。

肿瘤通过气腔扩散（STAS）是一种影响肺腺癌（LUAD）患者预后的独特转移模式。 STAS 检测存在一些挑战，包括误检测、观察者间一致性低以及缺乏定量分析。在这项研究中，总共收集了 489 张数字全玻片图像 (WSI)。基于深度学习的 STAS 检测模型（名为 STASNet）的构建是为了计算与 STAS 密度和距离相关的半定量参数。 STASNet 在图块级别上展示了 0.93 的 STAS 检测准确度，在 WSI 级别上确定 STAS 状态的 AUC 为 0.72-0.78。在半定量参数中，T10S 与空间位置信息相结合，对 I 期 LUAD 患者的无病生存率进行了显着分层。此外，STASNet 被部署到实时病理诊断环境中，提高了 STAS 检测率，并识别出了三种容易被误识别的隐匿性 STAS。© 2024。作者。