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CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Aug 01

JunhuaZhang,YifeiLi,...
An ultrasensitive DNA-enhanced amplification method for detecting cfDNA drug-resistant mutations in non-small cell lung cancer with selective FEN-assisted degradation of dominant somatic fragments.
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
血细胞游离 DNA (cfDNA) 可以成为检测非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者表皮生长因子受体 (EGFR) 突变的可靠新工具。然而,目前报道的 cfDNA 检测由于其灵敏度、稳定性或突变检出率方面的缺陷,在检测耐药突变方面作用有限。我们开发了一种基于古生球菌衍生的瓣状核酸内切酶 (Afu FEN) 的 DNA 增强扩增通过设计一对发夹探针与野生型 cfDNA 退火形成两个 5'-襟翼,允许 Afu FEN 对野生型 cfDNA 进行特异性切割,从而构建突变 cfDNA 系统。当优势野生型体细胞cfDNA片段被结构识别特异性的Afu FEN切割时,反应体系中突变cfDNA的比例大大富集。由于通过 PCR 扩增进一步增加了系统中突变 cfDNA 的数量,因此可以通过第一代测序轻松检测突变状态。在合成的野生型和 T790M EGFR DNA 片段的混合物中,我们的新检测方法仍然可以检测到 T790M fg 水平的突变具有非常高的敏感性。我们还测试了其在检测 NSCLC 患者临床样本中低变异等位基因频率 (VAF) 突变方面的性能。低 VAF(0.1 和 0.5%)的血浆 cfDNA 样本可以通过 DNA 增强扩增轻松检测到。该突变 cfDNA 增强扩增系统通过提供快速检测,是用于 NSCLC 早期筛查和个体化靶向治疗的有效工具。用于检测肿瘤耐药突变的、灵敏且经济的方法。© 2024 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿。
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CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Aug 06

DéboraMartínez-Espar...
Clinical utility of personalized reference intervals for CEA in the early detection of oncologic disease.
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
个性化参考区间(prRI)已被提议作为一种诊断工具,用于评估具有高度个性化的被测量。在这里,我们使用癌胚抗原(CEA)评估用于癌症检测的 prRI 的临床表现,并将其与参考变化值(RCV)和临床指南推荐的其他标准进行比较(例如连续 CEA 结果(RV25)和临界点为 5μg/L (CP5))。对 19 年来收集的 2,638 名患者的临床和分析数据进行了回顾性评估。总共研究了 15,485 个 CEA 结果。对于每位患者,我们使用基于不同策略组合的计算机算法计算 prRI 和 RCV,以评估所需 CEA 结果的数量,考虑参考区间的一两个限制以及所使用的个体内生物变异估计 (CVI):(a ) 公开可用 (CVI-EU),(b) 使用间接方法计算的 CVI (CVI-NOO) 和 (c) 内部 BV (CVP)。对于每个确定超出 prRI 范围、超过 RCV 间隔、RV25 或 CP5 的新结果,我们搜索了在测试后 3 个月和 12 个月时确定肿瘤存在的记录。计算了每种策略的敏感性、特异性和预测能力。使用 CVI-EU 得出的 PrRI 方法,参考区间的两个限值在所有评估标准的 3 个月和 12 个月时均达到最佳敏感性 (87.5%) 和 NPV (99.3%) 。每个患者只需 3 个结果就足以计算达到此诊断性能的 prRI。PrRI 方法可能是在患者主动监测期间排除新肿瘤学发现的有效工具。© 2024 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿。
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CLINICAL CHEMISTRY
2024 Jul 23

FangyanYu,FarzanaAhm...
Pyrimidine-Dependent UV-Mediated Cross-Linking Magnifies Minor Genetic or Epigenetic Changes in Clinical Samples.
CLINICAL CHEMISTRY
检测微小的 DNA 等位基因改变对于癌症的早期检测和监测变得越来越重要。我们描述了一种新方法,使用紫外线消除野生型 DNA 等位基因,并能够改进对微小遗传或表观遗传变化的检测。依赖于嘧啶的紫外线微小等位基因富集 (PD-UVME) 采用寡核苷酸探针,其中包含 UVA-敏感的 3-氰基乙烯基咔唑 (CNVK),直接放置在被询问的嘧啶对面,例如野生型 (WT) DNA 中的胸腺嘧啶 (T) 或胞嘧啶 (C)。在 UVA 照射下,CNVK 与 T/C 交联,防止随后的扩增。去除 T/C 的突变逃脱了交联,并被放大和检测到。同样,CNVK 可以区分 CpG 二核苷酸中的甲基化和非甲基化胞嘧啶,从而能够直接富集非甲基化 DNA 靶标。 PD-UVME 与数字液滴 PCR (ddPCR) 相结合,检测模型系统、甲状腺患者癌症组织样本和黑色素瘤患者肿瘤来源循环 DNA (ctDNA) 中的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 B-Raf (BRAF) V600E 突变通过 PD-UVME 发现 9 份甲状腺癌样本中的 1 份和 7 份循环 DNA 样本中的 6 份为 BRAF V600E 阳性,而通过传统 ddPCR 分类为阴性。通过常规 ddPCR 获得的阳性样本通过 PD-UVME 也发现呈阳性。通过这两种方法从正常志愿者获得的所有 10 个循环游离 DNA (cfDNA) 样本均为阴性。此外,还证明了使用 PD-UVME 优先富集 MAGEA1 启动子中的非甲基化等位基因。在 ddPCR 之前进行的 PD-UVME 突变/甲基化富集可放大低水平突变或表观遗传变化,并提高结果的灵敏度和可信度。它可以协助根据 BRAF V600E 等微量改变的存在做出临床决策。© 诊断协会
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CLINICAL CHEMISTRY
2024 Aug 05

SteffenHusby,RokSeon...
Laboratory Testing for Celiac Disease: Clinical and Methodological Considerations.
CLINICAL CHEMISTRY
乳糜泻 (CeD) 的患病率估计为 1%-3%。典型的临床表现是吸收不良,但现在患者可能会出现更微妙的症状,如便秘、骨质疏松或缺铁性贫血。儿童也可能出现生长不良。CeD 具有很强的遗传因素,高危人群包括患有 CeD 的一级亲属、合并自身免疫性疾病的患者以及染色体畸变患者。CeD 的诊断检查包括十二指肠组织学、血清学和基因检测。十二指肠组织学传统上是诊断的金标准。然而,血清学检测,尤其是 IgA 组织转谷氨酰胺酶抗体 (TTG-IgA) 被广泛使用,诊断算法主要以 TTG-IgA 作为起点。人类白细胞抗原分型也可用于确定 CeD 的遗传风险。儿童指南认可避免活检,可提供高水平的 TTG-IgA,其诊断准确性与十二指肠活检相当。可以通过鉴定单独的血液样本中的 IgA 肌内膜抗体来实现确认。 TTG-IgA 阳性水平低的受试者和 IgA 缺乏的受试者需要进行活检才能诊断 CeD。 CeD 的临床随访通常包括重复 TTG-IgA 检查。在成人中,愈合可能会延迟或不完全,难治性乳糜泻的罕见后果是转化为肠 T 细胞淋巴瘤。实验室检测,特别是 TTG-IgA,在诊断中发挥着核心作用,其准确性与组织学相当。利用实验室测试的诊断算法对于开发改进诊断的新策略至关重要。©诊断协会
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Clinical and Experimental Otorhinolaryngology
2024 Jul 30

SeungCheolHan,JeonSe...
Searching For Ideal Definite Treatment of Sinonasal Squamous Cell Carcinoma with Orbit Invasions.
Clinical and Experimental Otorhinolaryngology
鼻窦鳞状细胞癌 (SqCC) 经常侵犯眼眶。鼻窦癌侵入眼眶的治疗方法可能因医疗中心和侵入程度而异。最终的治疗策略,无论是否涉及保留眼眶,都会根据具体情况而有所不同,并导致不同的结果。目前,鼻窦癌经常采用多模式治疗方法,包括手术、化疗(CTx)、放疗(RT)或同步放化疗(CCRT)。本研究旨在从不同角度评估侵犯眼眶的鼻窦 SqCC 的预后。我们对 2009 年至 2018 年间接受治疗的原发性鼻窦 SqCC 侵犯眼眶的患者进行回顾性分析。我们检查了肿瘤范围、眼眶侵犯、治疗策略、复发率和生存率。根据眼眶侵犯的级别,总生存 (OS) 和无病生存 (DFS) 率没有显着差异。当肿瘤切除并保留眼眶作为最终治疗时,与手术不是最终治疗(RT、CCRT)的情况相比,DFS 显着更长。接受眼眶切除术的患者与接受肿瘤切除并保留眼眶作为根治性治疗的患者之间的 DFS 没有显着差异。肿瘤切除并保留眼眶作为根治性治疗似乎是首选方法,可在确保生存的同时延长 DFS SqCC 伴眼眶侵犯的病例。
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CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
2024 Jul 30

HaticeŞanlı,İncilayY...
A Comprehensive Study on Aberrant CD20-Positive Mycosis Fungoides: Clinical and Prognostic Insights.
CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
由于大多数 T 细胞淋巴瘤缺乏 CD20 表达,因此表现出异常 CD20 表达的蕈样肉芽肿 (MF) 病例极为罕见。我们旨在全面评估 7 例诊断为 CD20 阳性 MF 的患者的临床、组织病理学和预后特征。这项回顾性研究检查了 7 例 CD20 表达异常的 MF 病例。该研究提供了人口统计、临床特征、组织病理学和治疗结果的详细信息。关键时间点包括 MF 的初步诊断、CD20 表达检测和随访,平均随访 46 个月。异常 CD20 阳性 MF 被诊断的平均年龄为 58.6 岁,距首次 MF 诊断约 5.6 年。 CD20检测后,患者出现疾病晚期,需要化疗、brentuximab vedotin和同种异体造血干细胞移植等治疗。 4 名患者死于淋巴瘤,平均生存时间为 52 个月。 MF 中 CD20 异常表达很少见,但表明病程进展,且预后不良。这通常需要全身化疗,在某些情况下还需要同种异体造血干细胞移植。这项研究为 CD20 表达异常的 MF 患者的临床特征、疾病进展和治疗选择提供了重要见解。有必要进行进一步的研究来验证新兴疗法的有效性,并增强我们对这一独特 MF 亚组特有的潜在机制和预后决定因素的理解。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表英国皮肤科医师协会出版。版权所有。如需商业重复使用,请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限都可以通过我们网站文章页面上的权限链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 如需了解更多信息,请联系journals.permissions@oup.com。
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CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
2024 Aug 04

SherwinFazelpour,San...
Oncogenic Genodermatoses in Pediatric Skin of Color: A Review.
CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
皮肤肿瘤在儿童中相对罕见。最常见的是,皮肤癌是由环境因素引起的,特别是紫外线辐射;因此,年龄是发生皮肤癌的最具预测性的因素。然而,出生时患有某些遗传性皮肤病的儿童患恶性肿瘤的可能性明显更大,必须仔细监测和治疗。已发表的大部分数据主要基于白人患者的体征和症状。因此,我们的目的是强调在医学上代表性不足的有色皮肤 (SOC) 患者中这些遗传性皮肤病的皮肤表现和相对差异。我们对 236 篇已发表文章中的 504 名患者进行了文献综述。其中包括针对 17 岁或以下儿童的手稿,其中包含易于理解的病例报告。 SOC 患者的典型表现通常较少,并且疤痕和色素沉着的发生率较高。受影响的患者中近亲结婚的发生率也较高。能够识别非经典体征的医疗服务提供者可以采取适当的管理和治疗方案,从而有可能使 SOC 患者的治疗结果更加符合白人儿童的情况。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表英国皮肤科医师协会出版。版权所有。如需商业重复使用,请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限都可以通过我们网站文章页面上的权限链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 如需了解更多信息,请联系journals.permissions@oup.com。
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CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
2024 Aug 06

TejasPJoshi,ArashKim...
Epidemiology, survival, and risk of subsequent primary malignancies in patients with digital papillary adenocarcinoma: a retrospective study of 213 patients in the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program.
CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
数码乳头状腺癌(DPAc)是一种罕见的、侵袭性的汗腺来源的皮肤恶性肿瘤。在此,我们使用监测、流行病学和最终结果 (SEER) 计划的 17 个登记处对 213 名 DPAc 患者进行了回顾性研究。我们估计 DPAc 的发病率为每年每百万人 0.11 例,并且在过去二十年中发病率不断上升。我们的研究表明,DPAc 最常困扰白人男性,通常是 40 岁至 60 岁的男性。我们注意到 5 年疾病特异性生存率为 98.3%,5 年总生存率为 95.7%。我们还表明,高龄与更具侵袭性的疾病相关,并将肿瘤大小确定为影响疾病特异性生存的独立危险因素。我们的结果还表明,DPAc 患者随后发生原发性恶性肿瘤的风险较高,男性患肺/支气管肿瘤的风险较高,女性患乳腺癌的风险较高。© 作者 2024 年。已发表由牛津大学出版社代表英国皮肤科医师协会出版。版权所有。如需商业重复使用,请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限都可以通过我们网站文章页面上的权限链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 如需了解更多信息,请联系journals.permissions@oup.com。
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CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
2024 Aug 14

VishalMadan
The NHS two week wait skin cancer referral pathway: analysis and recommendations for process improvement.
CLINICAL AND EXPERIMENTAL DERMATOLOGY
虽然国家卫生服务部皮肤癌服务的压力早在新冠肺炎大流行之前就已经存在,但两周等待 (2WW) 皮肤癌标准在大流行后已经恶化。本报告利用 4V 类型和体积分析了 2WW 皮肤癌途径。品种矩阵。还检查了 2WW 皮肤癌途径的性能矩阵和 SIPOC 分析。在分析和重新设计该途径的流程图后提供了建议。过程分析使得能够识别 2WW 皮肤癌途径的一些局限性。这导致了包括使用人工智能进行病变评估、单一病变评估诊所和直接进入皮肤手术等建议,所有这些都旨在加快患者护理并提高 2WW 诊所的能力。对 2WW 皮肤癌途径的过程分析提供了有用的见解和帮助识别系统中的瓶颈。重新规划流程后的建议提供了潜在的解决方案,有助于减少转诊时间并提高容量。这些建议应有助于减少疑似皮肤癌患者接受初步诊断和随后确定治疗的等待时间。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表英国皮肤科医师协会出版。版权所有。如需商业重复使用,请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限都可以通过我们网站文章页面上的权限链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 如需了解更多信息,请联系journals.permissions@oup.com。
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GENOME BIOLOGY
2024 Aug 05

YaweiLi,YuanLuo
STdGCN: spatial transcriptomic cell-type deconvolution using graph convolutional networks.
GENOME BIOLOGY
空间分辨转录组学将高通量转录组测量与保留的空间细胞组织信息相结合。然而,许多技术无法达到单细胞分辨率。我们提出了 STdGCN,这是一种利用单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 作为空间转录组 (ST) 数据中细胞类型反卷积参考的图模型。 STdGCN 结合了 scRNA-seq 的表达谱和 ST 数据的空间定位以进行反卷积。对多个数据集的广泛基准测试表明 STdGCN 优于 17 个最先进的模型。在人类乳腺癌 Visium 数据集中,STdGCN 描绘了基质、淋巴细胞和癌细胞,有助于肿瘤微环境分析。在人类心脏 ST 数据中,STdGCN 识别组织发育过程中内皮-心肌细胞通讯的变化。© 2024。作者。
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