肿瘤生物信息学在癌症研究和精准医疗中发挥着重要作用。传统癌症研究的主要焦点是许多基本途径和基因的分子和临床研究。近年来，在高通量技术突破的推动下，大规模癌症组学数​​据迅速积累。如何有效利用和共享这些数据显得尤为重要。为了解决这一关键任务，过去几年已经开发了许多计算工具和数据库。为了帮助研究人员快速学习和理解这些工具的功能，在这篇综述中，我们总结了公开的生物信息学工具和资源，用于泛癌多组学分析、肿瘤发生的调控分析、肿瘤治疗和预后、免疫浸润分析、免疫库分析、癌症驱动基因和驱动突变分析以及癌症单细胞分析，这可能会进一步帮助研究人员找到更适合其研究的工具。版权所有 © 2024 中华医学会，由 Wolters Kluwer, Inc. 制作，CC-BY -NC-ND 许可证。

新辅助治疗提高了局部晚期胃癌（GC）实现根治性切除的可能性并改善预后。然而，对于局部晚期近端GC新辅助治疗后的最佳切除范围缺乏证据。本研究中，北京大学肿瘤医院330例患者接受了切除术，自1月份起对经组织学证实的近端GC进行新辅助治疗后达到治愈目的。 2009年至2022年12月。其中，45例患者接受近端胃切除术（PG），285例患者接受全胃切除术（TG）。本研究中，45例患者接受近端胃切除术（PG），285例患者接受全胃切除术（TG）。经过倾向评分匹配后，110 名患者（71 名 TG 和 39 名 PG）被纳入分析。 PG 和 TG 在短期结果和长期预后方面没有显着差异。具体来说，PG 的总体生存率与 TG 相当（P = 0.47）。亚组分析显示，虽然没有统计学意义，但对于肿瘤长径小于 4 cm 的患者，PG 在总生存期方面表现出优于 TG 的潜在优势 (P = 0.31)。然而，对于长径大于 4 cm 的个体，TG 的存活概率更高（P = 0.81）。在基线特征、手术安全性、术后恢复和术后并发症方面没有观察到实质性差异。对于对新辅助治疗有客观反应的局部晚期近端GC（长径<4cm），PG是一种替代手术方式。需要进一步的研究和前瞻性研究来验证这些发现并指导临床决策。版权所有 © 2024 中华医学会，由 Wolters Kluwer, Inc. 根据 CC-BY-NC-ND 许可制作。

近年来，我国结直肠癌（CRC）的发病率和死亡率呈上升趋势。结直肠癌发病机制的明确和可检测的癌前病变使得结直肠癌的早期预防、筛查和诊断成为可能。随着内镜和手术技术的发展，早期CRC的治疗选择也值得进一步讨论，相应地，需要建立标准的治疗后随访方案。本临床实践指南（CPG）是根据推荐的遵循世界卫生组织的流程，采用建议评估、制定和评估分级（GRADE）来评估证据质量，并使用证据到决策框架来制定临床建议，从而最大限度地减少偏见并提高CPG制定过程的透明度。我们使用医疗保健实践指南报告项目 (RIGHT) 声明和研究与评估指南评估 II (AGREE II) 作为报告和行为指南，以确保指南的完整性和透明度。该 CPG 包括 46 条建议，涉及预防、筛查、 CRC 的诊断、治疗和监测。在这些建议中，我们指出了 CRC 的保护因素和危险因素，并提出了化学预防建议。我们根据中国国情提出了适合CRC的筛查方案。我们还根据现有的临床证据和指南，为 CRC 的诊断、治疗和监测提供了规范性声明。本 CPG 中的 46 条建议是在考虑了利益相关者的价值观和偏好、可行性和可接受性的情况下形成的。建议可推广到与中国具有类似 CRC 流行病学模式的资源有限环境。版权所有 © 2024 中华医学会，由 Wolters Kluwer, Inc. 根据 CC-BY-NC-ND 许可制作。

细菌外膜囊泡（OMV）是革兰氏阴性细菌自然释放的小囊泡。这些囊泡具有独特的特征，因其在癌症治疗中的药物给药和免疫治疗中的潜在用途而引起人们的关注。治疗药物可以通过 OMV 直接输送到肿瘤部位，从而最大限度地减少与健康细胞的接触并降低全身毒性的风险。此外，OMV 激活免疫系统已被证明有助于识别和消除癌细胞，这使它们成为免疫治疗的理想工具。它们还可以经过基因改造，携带特定抗原、免疫调节化合物和小干扰RNA，增强对癌细胞的免疫反应并沉默与疾病进展相关的基因。将 OMV 与化疗和放疗等其他癌症治疗方法相结合已显示出有希望的协同效应。这篇综述强调了细菌 OMV 在癌症中的关键作用，强调了它们作为新型癌症靶向治疗载体的潜力。随着研究人员深入研究这些囊泡的复杂性及其与肿瘤的相互作用，人们越来越乐观地认为这种研究途径将在可预见的未来为癌症患者带来积极的结果和新的希望。版权所有 © 2024 中华医学会，由 Wolters Kluwer, Inc. 根据 CC-BY-NC-ND 许可生产。

评估消化系统疾病的影响对于制定有效的预防策略至关重要。然而，缺乏关于中国消化系统疾病负担的综合报告。我们的研究旨在概述 1990 年至 2019 年中国及其省份消化系统疾病的负担和趋势。这项横断面研究利用 2019 年全球疾病负担研究来估计发病率、死亡率、伤残调整寿命1990-2019年中国31个省份DALYs、失能年数、生命损失年数以及消化系统疾病负担变化情况。疾病负担分析主要考察分疾病分布特征、时间趋势、年龄分布、性别分布。此外，我们将消化系统疾病的省级年龄标准化伤残调整生命年与基于社会人口统计指数 (SDI) 的预期比率进行了比较。2019 年，中国消化系统疾病病例为 4.992 亿，导致 1,557,310 人死亡。胃癌、结直肠癌、食道癌是与消化系统疾病相关的死亡率和伤残调整生命年(DALY)排名前三位的疾病。同时，肝硬化等慢性肝脏疾病、胃食管反流病、胆囊胆道疾病是消化系统疾病中发病率最高的前三类疾病。男性40岁以后患胃癌的风险急剧增加，导致男女负担显着差异。随着SDI的增加，中国及各省份与消化系统疾病相关的DALY呈下降趋势。我们的研究强调了与消化系统疾病相关的DALY与SDI之间的负相关性，为公共卫生官员提供了宝贵的见解，可以帮助公共卫生官员估计该领域的疾病负担。版权所有 © 2024 中华医学会，由 Wolters Kluwer, Inc. 根据 CC-BY-NC-ND 许可制作。

能量代谢对于所有活细胞都至关重要，尤其是在快速生长或应激情况下。许多癌症和激活的免疫细胞（瓦伯格效应）或酵母（克拉布特里效应）主要依靠有氧葡萄糖发酵分别产生乳酸或乙醇来产生 ATP。近年来，人们提出了几种数学模型来从理论上解释瓦尔堡效应。除了葡萄糖之外，谷氨酰胺是真核细胞非常重要的底物——不仅用于生物合成，还用于能量代谢。在这里，我们提出了一个基于最小约束的化学计量模型，用于解释经典的 Warburg 效应和实验观察到的谷氨酰胺呼吸发酵（WarburQ 效应）。我们考虑葡萄糖和谷氨酰胺呼吸以及各自的发酵途径。我们的资源分配模型计算 ATP 生产率，同时考虑酶质量以及途径成本。虽然我们的计算预测葡萄糖发酵是人类细胞中一种优越的能量产生途径，但酵母中不同的酶特性降低了这种优势，在某些情况下，葡萄糖呼吸是首选的程度。后者是针对真菌病原体白色念珠菌观察到的，它是一种已知的克拉布特里阴性酵母。此外，优化结果表明，谷氨酰胺除了在真核细胞中作为生物量的碳源和氮源外，还是葡萄糖限制下的宝贵能源和重要底物。总之，我们的模型提供了这样的见解：在快速生长和感染情况下，谷氨酰胺是真核细胞的一种被低估的燃料，并很好地解释了在几种细胞类型中观察到的葡萄糖和谷氨酰胺的平行呼吸发酵。© 2024。作者。

生物信号转导网络对于生命各个领域的信息处理和基因表达调节至关重要。众所周知，失调会导致多种疾病，包括癌症。在这里，我介绍自洽信号转导分析，它利用基因组规模的组学数据（特别是转录组学和/或蛋白质组学）来以个性化的方式预测通过这些网络的信息流。我将该方法应用于乳腺癌患者的内分泌治疗研究，结果表明，抑制雌激素受体 α 的药物可引起广泛的抗肿瘤作用，并且它们最具临床影响力的作用是通过调节控制细胞增殖的信号。基因 GREB1、HK1、AKT1、MAPK1、AKT2 和 NQO1。这种方法为研究人员提供了一个宝贵的工具，可以帮助他们了解失调如何以及为何发生，以及网络扰动（例如靶向治疗）如何影响网络本身，并最终影响患者的结果。© 2024。作者。

中央气道阻塞（CAO）见于各种恶性和非恶性气道疾病，与不良预后相关。 CAO 的管理依赖于提供者培训和当地资源，这可能使临床方法和结果高度可变。我们回顾了当前的文献，并为 CAO 的管理提供了基于证据的建议。多学科专家小组使用 PICO（患者、干预、比较和结果）格式提出了关键问题，并使用 MEDLINE (PubMed) 和科克伦图书馆。该小组筛选了纳入的参考文献，并使用经过审查的评估工具来评估纳入研究的质量并提取数据，并对支持每项建议的证据水平进行了分级。使用改进的德尔菲技术就建议达成共识。总共审查了 9,688 篇摘要，评估了 150 篇全文文章，分析中纳入了 31 项研究。制定了一份良好实践声明和 10 项分级建议。证据的总体质量非常低。治疗性支气管镜检查可以改善恶性和非恶性 CAO 患者的症状、生活质量和生存率。适当时应采用多模式治疗方案，包括全身麻醉下的硬质支气管镜检查、肿瘤/组织清创、消融、扩张和支架置入。治疗选择和结果取决于 CAO 的潜在病因。强烈鼓励采用多学科方法并与患者共同决策。版权所有 © 2024 美国胸科医师学会。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。

在患有周围性肺部病变（PPL）的患者中，非诊断性支气管镜检查的结果并不少见。支气管镜检查后估计癌症概率 (pCA) 的传统方法依赖于二分法测试假设，利用患病率、敏感性和特异性来确定阴性预测值 (NPV)。然而，支气管镜检查是一种多疾病测试，引起了人们对二分法准确性的担忧。当应用于支气管镜检查等多疾病测试来诊断 PPL 时，使用二分法 (pCAdichotomous) 计算 pCA 在多大程度上低估了真实的 pCA ?涉及用于 PPL 的径向 EBUS 的队列研究的荟萃分析。遵循 PRISMA 指南，构建 2×2 列联表来计算 pCAdichotomous。对于多疾病测试方法，使用用于非诊断结果LR(T0)的似然比方法计算pCA多疾病的3×3列联表。将观察到的非诊断结果患者的恶性肿瘤率与 pCA 二分法和 pCA 多疾病患者进行比较。 在 46 项研究（7506 名患者）中，76% 的基础诊断为恶性肿瘤，13% 为其他特定疾病，非特异性纤维化/疤痕10%。在所有研究中，具有非诊断结果的恶性肿瘤患者的百分比与 pCA 多种疾病相匹配。相比之下，pCAdichotomous 始终低估癌症风险（中位数差异：0.12，第 25-75 个百分位数：0.06-0.23），特别是在非恶性疾病患病率较高的研究中。合并的 LR(T0) 为 0.46（95% CI 0.40-0.52，I2 76%，p<0.001），并且与非恶性疾病的患病率相关（p=0.001）。用于估计非恶性疾病后 pCA 的传统二分法诊断性支气管镜检查低估了恶性肿瘤的可能性。医生在解释支气管镜检查结果时应选择多疾病测试方法。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。

艾滋病毒感染者患肺癌和多种疾病的风险增加，使肺癌筛查的风险和益处的平衡变得复杂。我们之前采用了 Decision Precision (screenlc.com) 来指导 HIV 感染者肺癌筛查的共同决策。根据测量，适应 HIV 且个性化的决策辅助是否可以改善 HIV 感染者肺癌筛查的共同决策知识、决策冲突和可接受性？这是一项针对 40 名符合肺癌筛查资格的 HIV 感染者的决策辅助单臂试点试验。决策援助包括个性化筛查建议以及针对艾滋病毒的肺癌和全因死亡率的五年风险估计。参与者在共同决策访问中审查了决策辅助工具，并完成了访问前和访问后调查，以衡量有关肺癌筛查的知识、可接受性和决策冲突。 40 名注册参与者的中位年龄为 62 岁，其中 60% 目前为吸烟的中位五年肺癌风险和全因死亡率分别为 2.0% (IQR 1.4-3.3%) 和 4.1% (IQR 3.3-7.9%)。个性化建议包括针对 53% 的参与者的“鼓励筛查”和针对其余参与者的“偏好敏感”建议。参与者在两项经过验证的知识测量方面取得了进步，LCS-12 的相对改善为 60% (p<0.001)，LKS-7 的相对改善为 27% (p<0.001)，在有关假阳性和假阳性的问题上有显着改善。阴性结果、偶然结果、肺癌特异性死亡率益处以及筛查可能带来的危害。参与者报告决策冲突量表得分较低（中位数 0，IQR 0-5），可接受性较高。 90% 的人最终在访问后一个月内接受了筛查。这种针对 HIV 的定制决策帮助提高了参与者对筛查的风险、益处和特征的了解，决策冲突较少，可接受性较高。该决策辅助工具可以在这一高风险人群中实现高质量的共同决策。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。