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肿瘤
Frontiers in Genetics
2024

BoChen,MengmengLu,Qi...
Systematic profiling of mitochondria-related transcriptome in tumorigenesis, prognosis, and tumor immune microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma: a multi-center cohort study.
Frontiers in Genetics
线粒体功能障碍已被证明在癌症生物学中发挥着关键作用。然而,其与肝内胆管癌(iCCA)的关系仍显着不足。30对iCCA和癌旁组织的RNA测序数据来自温州医科大学第一附属医院(WMU)。将 WMU 队列 (n = 30) 与公共 TCGA (n = 30) 和 GSE107943 (n = 30) 数据集整合,建立多中心 iCCA 队列。我们将 TCGA 和 GSE107943 队列合并为一个探索队列,以开发用于预后评估的线粒体特征,并利用 WMU 队列进行外部验证。基因本体论 (GO)、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 和 Hallmarker 分析用于 iCCA 相关线粒体相关基因 (MRG) 的功能解释。此外,还利用三个机构的数据进行无监督聚类,以识别基于线粒体的 iCCA 亚型。进一步研究线粒体功能障碍对药物反应、肿瘤免疫微环境改变和免疫反应的影响。 263 个 iCCA 相关 MRG 被鉴定与脂肪酸代谢、氧化磷酸化和免疫反应有关。细胞凋亡。通过单变量和多变量 Cox 以及 LASSO 分析,建立了具有 5 个最佳 MRG 的线粒体特征,用于评估探索队列中 AUC 值范围为 0.785 至 0.928 的 iCCA 患者的预后。该特征在 WMU 队列中也表现出令人满意的性能,AUC 值为 0.817-0.871,并被确定为两个队列中的独立风险预测因子。此外,我们发现线粒体评分较高且预后较差的患者的 CD4 T 细胞、NK 细胞和单核细胞浸润水平较低,并且对包括索拉非尼在内的靶向治疗表现出较高的敏感性。此外,还确定了两种基于线粒体的远距离亚型,其中亚型 2 与较短的生存时间和免疫抑制的肿瘤微环境有关。最后,通过免疫组织化学验证了五个关键 MRG 的差异蛋白表达。我们发现线粒体功能障碍调节 iCCA 中的异常代谢、氧化应激、免疫反应、细胞凋亡和药物敏感性。确定了线粒体特征和两种基于线粒体的 iCCA 亚型,用于临床风险分层和免疫表型分析。版权所有 © 2024 Chen、Lu、Chen、Zou、Bo、Li、Zhao、Zhao、Yu、Chen 和 Wu。
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Frontiers in Genetics
2024

MohammedKaleem,Manda...
Management of triple-negative breast cancer by natural compounds through different mechanistic pathways.
Frontiers in Genetics
三阴性乳腺癌(TNBC)是最严重的乳腺癌,其特征是雌激素、孕激素和人类表皮生长因子受体的丧失。它是由多种遗传和表观遗传因素引起的,导致预后不良。表观遗传变化,例如 DNA 甲基化和组蛋白修饰,是 TNBC 进展和转移的主要机制。这篇综述全面涵盖了 TNBC 的各种亚型及其表观遗传原因。此外,TNBC 与所有与这种癌症进展相关的重要基因和信号通路的遗传关联也已被纳入。此外,还详细讨论了通过不同机制途径使用天然化合物以成功管理 TNBC。版权所有 © 2024 Kaleem、Thool、Dumore、Abdulrahman、Ahmad、Almostadi、Alhashmi、Kamal 和 Tabrez。
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Frontiers in Genetics
2024

YulinLu,DanjunWang,G...
Exploring the molecular landscape of osteosarcoma through PTTG family genes using a detailed multi-level methodology.
Frontiers in Genetics
骨肉瘤 (OS) 提出了重大的临床挑战,需要对其分子基础进行全面探索。本研究采用包括 OS 细胞在内的分子实验的多方面方法,探讨了 PTTG 家族基因(PTTG1、PTTG2 和 PTTG3P)在 OS 中的作用品系培养、RT-qPCR、亚硫酸氢盐和全外显子组测序 (WES) 以及计算机模拟实验,包括基于癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因表达综合 (GEO) 数据集的验证、总体生存、基因富集、功能测定,以及分子对接分析。我们的研究结果揭示了 OS 细胞系中 PTTG 基因的一致上调,得到 RT-qPCR 实验的支持,并在各种公开可用的表达数据集数据库中得到证实。重要的是,ROC 曲线分析突显了它们作为诊断标志物的潜力。除了表达谱之外,我们还通过证明 OS 中与 PTTG 基因相关的 CpG 岛的显着低甲基化来揭示表观遗传景观。甲基化状态与mRNA表达之间的负相关强调了启动子甲基化在PTTG基因表达中的调节作用。与预期相反,PTTG 基因的基因突变在 OS 中很少见,仅观察到良性突变。此外,功能测定还证实了 PTTG 基因在 OS 发展中的致癌作用。最后,我们还发现骨化三醇是在 PTTG 基因背景下可用于治疗 OS 的最合适药物。PTTG 基因作为潜在诊断标记物的鉴定及其与表观遗传改变的关联为理解 OS 发病机制和开发开辟了新途径。靶向治疗。当我们探索 OS 的复杂格局时,这项研究提供了重要的见解,可能为改进 OS 管理中的诊断和治疗策略铺平道路。版权所有 © 2024 Lu、Wang、Chen、Shan 和 Li。
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Frontiers in Genetics
2024

FangfangZhong,LijunS...
Multi-omics evaluation of the prognostic value and immune signature of FCN1 in pan-cancer and its relationship with proliferation and apoptosis in acute myeloid leukemia.
Frontiers in Genetics
FCN1 基因编码 ficolin-1 蛋白,与多种疾病的发病机制有关,但其在肿瘤发生中的确切作用仍不清楚。本研究旨在阐明 FCN1 在不同癌症类型中的预后意义、免疫特征和治疗反应。利用多组学数据,我们进行了全面评估,包括组织特异性和单细胞特异性表达差异、泛癌症表达模式、影响 FCN1 表达的表观遗传修饰以及免疫微环境。我们的研究主要集中在 FCN1 和急性髓系白血病 (AML) 的临床预后属性、免疫特征、潜在分子机制和候选治疗药物上。此外,还进行了体外实验,以检查 FCN1 敲低对 AML 细胞系 U937 和 NB4 内细胞增殖、凋亡和细胞周期动态的影响。FCN1 表达在各种癌症中表现出广泛的失调。通过单变量和多变量 Cox 回归分析,FCN1 已被确定为 AML 的独立预后指标。免疫学研究阐明了 FCN1 参与调节肿瘤微环境中的炎症反应及其与治疗效果的相关性。值得注意的是,FCN1 的缺失会影响 U937 细胞和 NB4 细胞的增殖、凋亡和细胞周期动力学。这些发现强调 FCN1 作为一种有前景的泛癌生物标志物,指示巨噬细胞浸润,与肿瘤微环境和治疗反应密切相关,并且对于 AML 细胞系内的细胞机制至关重要。版权所有 © 2024zhong、song、li、liu、liu、guo 和 Liu。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Aug 14

SenZhang,LiwenRen,Wa...
Interferon Gamma Inducible Protein 30: from biological functions to potential therapeutic target in cancers.
Cellular & Molecular Immunology
干扰素γ诱导蛋白30 (IFI30),也称为γ干扰素诱导溶酶体硫醇还原酶(GILT),主要存在于溶酶体和细胞质中。作为唯一被确定可催化内吞途径中二硫键还原的酶,IFI30 通过减少内吞蛋白的二硫键,有助于主要组织相容性复合物 (MHC) I 类限制性抗原交叉呈递和 MHC II 类限制性抗原加工。值得注意的是,新兴研究表明 IFI30 参与肿瘤发生、肿瘤发展和肿瘤免疫反应。以IFI30为靶点可能为癌症治疗提供新策略并改善患者预后。该综述全面综述了IFI30在肿瘤进展、细胞氧化还原状态、自噬、肿瘤免疫反应、药物敏感性等方面的研究进展,以期为IFI30在肿瘤治疗尤其是免疫治疗中的药理干预提供理论依据。 .© 2024。施普林格自然瑞士股份公司。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Aug 20

NicholasJHSalisbury,...
Polyomavirus ALTOs, but not MTs, downregulate viral early gene expression by activating the NF-κB pathway.
Cellular & Molecular Immunology
多瘤病毒是小型环状 dsDNA 病毒,可引起癌症。多瘤病毒早期转录本的选择性剪接产生大小肿瘤抗原(LT、ST),它们在病毒复制和肿瘤发生中发挥重要作用。一些多瘤病毒还表达中间肿瘤抗原 (MT) 或替代 LT 开放阅读框 (ALTO),它们在进化上相关,但具有不同的基因结构。 MT 是早期转录本的剪接变体,而 ALTO 则以替代阅读框叠印在 LT 转录本的第二个外显子上,并通过替代起始密码子进行翻译。默克尔细胞多瘤病毒 (MCPyV) 是唯一一种导致癌症的人类多瘤病毒,编码 ALTO,但其在病毒生命周期和肿瘤发生中的作用仍然难以捉摸。在这里,我们展示了 MCPyV ALTO 作为肿瘤抑制因子,并且在默克尔细胞癌 (MCC) 中被沉默。拯救 MCC 细胞中的 ALTO 会诱导生长停滞并激活 NF-κB 信号传导。 ALTO 通过结合 SQSTM1 和 TRAF2 激活 NF-κB
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CELL RESEARCH
2024 Jul 25

LauraPoliseno,Martin...
Coding, or non-coding, that is the question.
CELL RESEARCH
高通量测序的出现发现,我们的基因组普遍被转录成 RNA,而这些 RNA 似乎并未翻译成蛋白质。研究还发现,非编码 RNA 转录本的数量超过了经典蛋白质编码基因的数量。这一令人难以置信的发现引发了非编码RNA研究的激增,这些研究开始揭示这些新基因单元的功能相关性,动摇了“基因”的经典定义。虽然非编码 RNA 革命仍在发生,但多核糖体/核糖体分析和质谱分析表明,肽可以从非规范开放阅读框翻译。因此,很明显,编码与非编码的二分法比预期的更加模糊。在这篇综述中,我们重点关注几个例子,其中编码与非编码基因的二元分类已经过时,因为相同的双功能基因既表达编码产物又表达非编码产物。我们讨论了转录本的这种复杂使用对基因表达和生物输出的分子机制的影响,它们通常是一致的,但也可能令人惊讶地不一致。最后,我们讨论了与双功能基因研究相关的方法学注意事项,并强调了利用这种复杂性来开发抗癌疗法的机遇和挑战。© 2024。作者。
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CELL RESEARCH
2024 Aug 05

BisiMiao,LingGe,Chen...
SMYD5 is a ribosomal methyltransferase that catalyzes RPL40 lysine methylation to enhance translation output and promote hepatocellular carcinoma.
CELL RESEARCH
虽然赖氨酸甲基化因转录调节基因表达而闻名,但其对翻译的影响在很大程度上尚不清楚。 RPL40(一种位于 GTP 酶激活中心的核心核糖体蛋白)上赖氨酸 22 (K22me3) 的三甲基化于 27 年前首次被报道。然而,其甲基转移酶及其在翻译中的作用仍有待探索。在这里,我们报告 SMYD5 对 RPL40 K22 具有强大的体外活性,并主要催化细胞中的 RPL40 K22me3。 SMYD5 和 RPL40 K22me3 的丢失导致翻译输出减少和延伸受到干扰,核糖体碰撞增加证明了这一点。 SMYD5 和 RPL40 K22me3 在肝细胞癌 (HCC) 中表达上调,与患者预后呈负相关。在 2D 和 3D 培养物中,耗尽 SMYD5 会使 HCC 细胞对 mTOR 抑制过度敏感。此外,在基因工程小鼠和患者来源的异种移植物 (PDX) 模型中,SMYD5 的缺失显着抑制 HCC 的发展和生长,并且同时抑制 mTOR 进一步增强 PDX 模型中的抑制作用。我们的研究结果揭示了 SMYD5 和 RPL40 K22me3 轴在翻译延伸中的新作用,并强调了靶向 SMYD5 在 HCC 中的治疗潜力,特别是同时抑制 mTOR。这项工作还在概念上拓宽了对赖氨酸甲基化的理解,将其重要性从转录调控扩展到翻译控制。© 2024。作者。
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CELL PROLIFERATION
2024 Aug 13

YanhongLiu,MinZhang,...
Mesothelin CAR-engineered NK cells derived from human embryonic stem cells suppress the progression of human ovarian cancer in animals.
CELL PROLIFERATION
CAR-NK细胞疗法不需要HLA匹配,副作用最小。然而,将 CAR 工程化到人体组织衍生的 NK 细胞中的传统方法表现出异质性、转导效率低和制造成本高。在这里,我们提供了一种可靠的方法,用于从人胚胎干细胞 (hESC) 作为替代细胞来源生成大规模冷冻间皮素 (MSLN) CAR-NK 细胞。我们首先构建了表达 MSLN CAR 的 hESC 以降低 CAR 工程成本,随后通过高效的类器官诱导系统将这些干细胞分化为 MSLN CAR-NK 细胞。 MSLN CAR-NK细胞表现出NK细胞的激活受体、抑制受体和效应分子的典型表达模式。在肿瘤细胞存在的情况下,与诱导的 NK 细胞相比,MSLN CAR-NK 细胞显示出 IFN-γ 和 TNF-α 分泌增加,以及 CD107a 表达水平升高。我们使用临床级冷冻介质 (CS10) 将 MSLN CAR-NK 细胞在液氮中冷冻保存 6 个多月,以模拟现成的 CAR-NK 细胞产品。解冻的MSLN CAR-NK细胞在培养48-72小时后立即恢复,并有效消除卵巢肿瘤细胞,包括来自患者的人原发性卵巢肿瘤细胞。解冻的 MSLN CAR-NK 细胞可有效抑制体内卵巢肿瘤的发展,并延长荷瘤小鼠的存活时间。我们的研究为 hESC 衍生的 MSLN CAR-NK 细胞作为一种有前途的现成细胞产品的临床转化提供了见解。© 2024 作者。北京干细胞与再生医学研究院和John Wiley联合出版的《细胞增殖》
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Cell Host & Microbe
2024 Jul 25

YunjaeKim,GihyeonKim...
Fecal microbiota transplantation improves anti-PD-1 inhibitor efficacy in unresectable or metastatic solid cancers refractory to anti-PD-1 inhibitor.
Cell Host & Microbe
肠道微生物组显着影响免疫反应和免疫检查点抑制剂的功效。我们对 13 名抗 PD-1 难治性晚期实体癌患者进行了一项临床试验 (NCT04264975),将抗程序性死亡 1 (PD-1) 抑制剂与抗 PD-1 应答者的粪便微生物群移植 (FMT) 相结合。 FMT在13名患者中引起了6名患者的持续微生物群变化和临床获益,其中1名部分缓解,5名疾病稳定,实现了7.7%的客观缓解率和46.2%的疾病控制率。临床反应与血液和肿瘤中细胞毒性 T 细胞和免疫细胞因子的增加相关。我们从 FMT 应答者中分离出了 Merdae 普雷沃氏菌,它通过增强细胞毒性 T 细胞浸润来刺激 T 细胞活性并抑制小鼠体内的肿瘤生长。此外,我们发现唾液乳杆菌和普通拟杆菌可能会抑制抗肿瘤免疫。我们的研究结果表明,含有有益微生物群的 FMT 可以克服晚期实体癌(尤其是胃肠癌)对抗 PD-1 抑制剂的耐药性。版权所有 © 2024 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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