研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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Frontiers in Molecular Biosciences
2023
HuiwenWang,JianZhang...
Identification of AKR1B10 as a key gene in primary biliary cholangitis by integrated bioinformatics analysis and experimental validation.
Frontiers in Molecular Biosciences
背景:原发性胆汁性胆管炎(PBC)是一种慢性自身免疫性肝病,如果没有适当治疗,最终会发展为肝硬化和肝细胞癌(HCC)。然而,PBC发病的基因表达及分子机制还没有被完全阐明。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载了微阵列表达谱数据集GSE61260。使用R中的limma软件包,标准化数据以筛查差异表达基因(DEGs)。此外,进行了基因本体学(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析。建立了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络以确定枢纽基因,并建立了一个转录因子-DEG-微RNA的综合调控网络。使用基因集富集分析(GSEA)分析了不同AKR1B10表达水平组的生物状态差异。进行了免疫组织化学(IHC)分析,以验证PBC患者肝脏中AKR1B10的表达。使用单因素方差分析(ANOVA)和Pearson相关分析评估了肝脏AKR1B10水平与临床参数的关联性。结果:本研究鉴定了22个上调和12个下调DEGs,这些DEGs在PBC患者和健康对照组之间存在差异。GO和KEGG分析表明,DEGs主要富集在免疫反应中。AKR1B10被确定为关键基因,并通过筛选PPI网络中的枢纽基因进一步分析。GSEA分析表明,AKR1B10的高表达可能促进PBC发展为HCC。免疫组织化学结果验证了PBC患者肝脏AKR1B10的表达增加,并显示其与PBC的严重程度呈正相关。结论:整合生物信息学分析和临床验证鉴定了AKR1B10作为PBC的枢纽基因。PBC患者AKR1B10表达的增加与疾病的严重程度有关,可能促进PBC向HCC的发展。版权所有2023 Wang、Zhang、Liu、Jiang、Fu和Peng。
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Frontiers in Molecular Biosciences
2023
DarrenLocke,Clifford...
Companion diagnostic requirements for spatial biology using multiplex immunofluorescence and multispectral imaging.
Frontiers in Molecular Biosciences
免疫组化技术一直被视为理解治疗相关蛋白质表达模式、识别预后和预测生物标志物的黄金标准。在肿瘤治疗的靶向治疗中,患者的选择已成功依赖于标准的显微镜检查法,例如单标记亮场色素免疫组化法。虽然这些结果很有前途,但是除了少数例外,分析单种蛋白质不再提供足够的信息来有效地得出治疗反应的概率。更丰富多样的科学问题促进了高通量和高阶技术的发展,以调查生物标志物表达模式和肿瘤微环境中细胞表型之间的空间相互作用。这种多参数数据分析历来被保留在缺乏免疫组化所提供的空间环境信息的技术中。过去十年间,在多通路荧光免疫组化技术和改进的图像数据分析平台的技术发展和发现中,强调了某些生物标志物之间的空间关系对于理解患者对免疫检查点抑制剂的响应可能性的重要性。同时,个体化医疗已推动临床试验设计和实施的变革,旨在使药物开发和癌症治疗更加高效、精准和经济。在免疫肿瘤学中的精准医学正被数据驱动的方法引导,以获得有关肿瘤及其与免疫系统动态相互作用的洞察力。这点特别必要,考虑到涉及一个以上免疫检查点药物、和/或将其与传统癌症治疗联合使用的试验数量的快速增长。随着多通路方法(例如免疫荧光)将免疫组化技术的边界推向前进,了解此技术的基础及如何将其作为受监管的测试用于识别单种和联合治疗的反应前景变得至关重要。为此,本工作将关注:1)开发临床多通路免疫荧光分析的科学、临床和经济要求;2)Akoya Phenoptics工作流程的特点,以支持预测性测试,包括设计原则、验证和验证需求;3)监管、安全和质量考虑因素;4)通过实验室自主开发测试和受监管的体外诊断设备应用多通路免疫组化。版权所有 © 2023 Locke and Hoyt.
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Frontiers in Molecular Biosciences
2023
JosephJBarchi,Caitli...
The effect of a methyl group on structure and function: Serine vs. threonine glycosylation and phosphorylation.
Frontiers in Molecular Biosciences
各种不同的糖基结构覆盖在所有的细胞表面上,并参与无数的生物过程,其中包括但不限于:细胞黏附、信号传导、代谢、蛋白质质量控制以及与先天和适应性免疫功能紧密相关。免疫监测和对外源性碳水化合物抗原的反应(例如细菌包被多糖和病毒表面蛋白糖基化),是微生物清除的基础,大部分抗微生物疫苗都以这些结构为靶点。此外,肿瘤上异常糖基被称为肿瘤相关糖抗原(TACAs),它们会引起免疫反应并用于抗肿瘤疫苗的设计。哺乳动物绝大部分TACAs都来源于所谓的黏液型O-糖基化的细胞表面蛋白,并通过丝氨酸或苏氨酸残基的羟基与蛋白质骨架相连接。一些单糖和寡糖附着在这些残基上的结构研究显示,附着在“未甲基化”的丝氨酸或苏氨酸β-甲基化残基上的糖基的构象偏好存在显著差异。这表明抗原糖基的连接点将影响它们向免疫系统以及各种碳水化合物结合分子(例如凝集素)的展示方式。本文将研究这种可能性,并把概念扩展到表面和测定系统中的糖基展示,这些展示将由不同的连接点来定义,从而产生各种不同的构象表现。版权所有 © 2023 Barchi and Strain.
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Frontiers in Molecular Biosciences
2023
CKirubhanand,JMercil...
Targeting potential receptor molecules in non-small cell lung cancer (NSCLC) using in silico approaches.
Frontiers in Molecular Biosciences
简介:非小细胞肺癌是肺癌中最常见的一种类型。化疗、放疗和其他传统的癌症治疗方法成功率较低。因此,创造新的药物对于阻止肺癌的传播至关重要。方法:本研究利用量子化学计算、分子对接和分子动力学模拟等多种计算方法分析了洛克尼霉素对非小细胞肺癌(NSCLC)的生物活性。此外,MTT实验显示了洛克尼霉素的抗增殖活性。结果和讨论:利用前线分子轨道(FMO),确认了生物活性化合物的带隙能量值及其与分子潜在生物活性的关联。分子中的H38氢原子和O1氧原子具有有效的亲电性,并通过分子静电势表面分析确定了潜在的亲核攻击位点。此外,分子内的电子被共振分布,赋予了分子生物活性,并通过Mulliken原子电荷分布分析得到授权。分子对接研究揭示了洛克尼霉素抑制非小细胞肺癌相关靶蛋白。在分子动力学模拟研究期间,领先分子和靶向蛋白复合物稳定。此外,洛克尼霉素对A549肺癌细胞表现出卓越的抑制增殖和凋亡特性。目前的研究强烈表明,洛克尼霉素是肺癌的一个潜在候选药物。版权所有©2023 Kirubhanand、Merciline Leonora、Anitha、Sangeetha、Nachammai、Langeswaran和Gowtham Kumar。
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Frontiers in Molecular Biosciences
2023
MarleneSophiaKohlhep...
The contradictory roles of macrophages in non-alcoholic fatty liver disease and primary liver cancer-Challenges and opportunities.
Frontiers in Molecular Biosciences
慢性肝病通常由不同的病因导致肝纤维化和肝硬化。其中非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)影响着全球大约四分之一的人口,因此是一个重要且日益增加的公共卫生负担。慢性肝细胞损伤、炎症(非酒精性脂肪性肝炎,NASH)和肝纤维化是原发性肝癌的诱因,尤其是肝细胞癌(HCC),是全球癌症相关死亡的第三个最常见原因。尽管近年来肝病的认识有了很大进展,但在癌前和癌后阶段的治疗选择仍然有限。因此,急需确定可靶向的肝病驱动机制以开发新的治疗方法。单核细胞和巨噬细胞是炎症反应的核心但多才多艺的组成部分,推动慢性肝病的发生和发展。最近在单个细胞水平上进行的蛋白质组学和转录组学研究揭示了一种先前被忽视的巨噬细胞亚群和功能的多样性。实际上,包括肝脏驻留的巨噬细胞(也称Kupffer细胞)和单核细胞来源的巨噬细胞在内的肝巨噬细胞可以根据微环境信号获得各种表型,从而发挥多种有时相互矛盾的功能。这些功能范围从调节和加重组织炎症到促进和夸大组织修复机制(即实质再生、癌细胞增殖、血管生成、纤维化)。由于这些核心功能,肝巨噬细胞成为治疗肝病的一个有吸引力的靶点。在本综述中,我们讨论肝巨噬细胞在慢性肝病中的多方面和相反的作用,特别关注NAFLD / NASH和HCC。此外,我们还讨论了针对肝巨噬细胞的潜在治疗方法。版权所有©2023 Kohlhepp,Liu,Tacke和Guillot。
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HUMAN MOLECULAR GENETICS
2023 Jan 31
IvanaRadulovic,Micha...
A novel cancer risk prediction score for the natural course of FA patients with biallelic BRCA2/FANCD1 mutations.
HUMAN MOLECULAR GENETICS
BRCA2的双等位生殖细胞突变发生在罕见的小儿病Fanconi贫血(FA)的FA-D1亚型中,其在临床上表现为先天畸形和早期发生恶性肿瘤的高倾向性。收集了96例携带BRCA2的双等位突变的FA-D1患者的临床和遗传数据,并用这些数据制定了一种基于BRCA2特定突变的新的癌症风险预测评分系统。该评分系统考虑了相对于BRCA2的外显子11编码与RAD51重组酶相互作用的主要位点的移码/终止和错义突变的位置,并使用MaxEnt和HBond剪接评分来分析潜在的剪接位点扰动。在确定了BRCA2突变的75名FA-D1患者中,66名患者发展了102个恶性肿瘤,每个个体的独立肿瘤数在1到3个之间。周围胚胎瘤出现的中位数年龄为1.0岁,血液恶性肿瘤的中位数为1.8岁,中枢神经系统肿瘤的中位数为2.7岁。接受治疗的患者比未接受治疗的患者存活时间更长。使用我们的新型评分系统,我们可以在FA-D1患者中区分出三个不同的癌症风险组:第一组患者在1.3岁(n=36,95% CI 0.9-1.8)的中位年龄出现首次恶性肿瘤,第二组在2.3岁(n=17,95% CI 1.4-4.4)的中位年龄出现首次恶性肿瘤,第三组在23.0岁(n=22,95% CI 4.3-n/a)的中位年龄出现首次恶性肿瘤。因此,这种评分系统首次允许仅基于BRCA2基因的突变类型和位置预测FA-D1患者的癌症发生。© 作者(们)2023。由牛津大学出版社发表。版权所有,未经许可请勿复制。请通过电子邮件联系:journals.permissions@oup.com。
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HUMAN MOLECULAR GENETICS
2023 Feb 02
LiqiangQi,BoSun,Beib...
CEBPB regulates the migration, invasion and EMT of breast cancer cells by inhibiting THBS2 expression and O-fucosylation.
HUMAN MOLECULAR GENETICS
Breast cancer(bc)是女性人群中患病率和死亡率最高的人类恶性肿瘤,因此,开发新型有效的bc治疗方案是至关重要的。当前研究的主要目的是探讨CEBPB和THBS2在bc中的功能及其潜在的机制。使用RT-qPCR和Western blot进行RNA和蛋白质的测量。分别进行功能和机制检测,以评估bc生物学行为和基因之间的潜在关联。根据生物信息学分析和实验结果,THBS2在bc组织和细胞系中上调,在bc中可以促进细胞迁移,侵袭和EMT。验证了CEBPB可以促进miR-29a-3p转录,从而负向调节THBS2的表达。救援实验的结果显示,CEBPB可以通过THBS2调节bc细胞的恶性行为。此外,确认CEBPB可以抑制B3GALTL的转录,从而影响THBS2蛋白的O-岐糖基化和分泌。确定THBS2与ITGB1之间的相互作用,并发现THBS2可以激活PI3K/AKT信号通路。综上所述,CEBPB通过抑制THBS2的表达和O-岐糖基化抑制bc细胞的迁移,侵袭和EMT。© The Author(s) 2023. Published by Oxford University Press on behalf of Society for the Study of Reproduction. All rights reserved. For permissions, please e-mail: journals.permissions@oup.com.
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HUMAN MOLECULAR GENETICS
2023 Feb 23
LipingHuang,Zhongyue...
Identification of novel compound heterozygous variants in the SLC30A7 (ZNT7) gene in two French brothers with stunted growth, testicular hypoplasia, and bone marrow failure.
HUMAN MOLECULAR GENETICS
锌是一种必需的微量元素。人类食物中缺乏锌会导致生长迟缓、皮肤损伤、性腺功能低下和频繁感染。缺乏Slc30a7的小鼠会患上轻度的锌缺乏,并且容易发生前列腺癌和胰岛素抵抗。以往并未报告过人类SLC30A7(ZNT7)基因中引起疾病的突变或变异。在这里,我们介绍了来自法国家庭的两个男孩兄弟,他们生长迟缓、睾丸发育不良和骨髓衰竭。外显子测序揭示了他们从各自未受影响的父母那里继承的ZNT7中的复合杂合突变,包括NM_133496.5:c.21dup; p.Asp8ArgfsTer3和c.842+15 T>C。c.21dup变异导致ZNT7编码序列第1外显子生成一个过早的终止密码。RNA-seq分析表明,c.842+15 T>C突变导致一个漏斗式的mRNA剪接事件,在第8外显子的剪接供体位点之后生成过早的终止密码子。此外,与对照细胞相比,受影响的兄弟的ZNT7蛋白表达显著降低了80-96%。这些发现强烈暗示,应该将双等位体在SLC30A7中的变异视为生长迟缓、睾丸发育不良和综合性骨髓衰竭的原因。由牛津大学出版社2023年发表。
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HUMAN BRAIN MAPPING
2023 Feb 28
ZoéDary,BignaLenggen...
Neural bases of the bodily self as revealed by electrical brain stimulation: A systematic review.
HUMAN BRAIN MAPPING
越来越多的最新研究专注于身体自我的多感官和神经基础。这种先反映出的自我形式被认为是多方面的,包括现象学组成部分,如自身位置、身体所有权、第一人称视角、代理权和感知身体形象。在癫痫和脑肿瘤切除前的术前评估期间进行直接电脑刺激(EBS)是一种独特的方法,可以因果地将特定的脑区与身体自我的各种现象成分联系起来。我们对描述EBS引起的身体自我改变现象的文献进行了系统回顾。我们包括了42篇文章,并对221名患者的自我报告进行了分析。EBS的三维密度图表明,中心回、下顶叶、辅助运动区、后岛叶、海马复合体/杏仁核和顶枕叶最常常改变身体自我的一个或多个组成部分。此外,我们发现仅在顶叶皮层进行的EBS扰乱了本综述文章中考虑的身体自我的所有五个组成部分。这些发现有助于当前的神经科学模型的建立。©2023TheAuthors.HumanBrainMapping由WileyPeriodicals出版。
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Hormone Research in Paediatrics
2023 Jan 11
TarıkKirkgöz,SayginA...
Challenges in the management of a 7 years old child with thyrotropin-secreting pituitary adenoma and the review of the literature.
Hormone Research in Paediatrics
甲状腺刺激素瘤(TSHoma)是一种非常罕见的疾病,占垂体肿瘤的不到1%,表现为甲状腺激素升高和正常/高TSH浓度。一名7岁的男孩因神经紧张而被他的精神科医生转诊,血液检查显示游离T4,T3和TSH水平升高。初步评估显示有α-亚单位升高。垂体MRI显示有一个巨型腺瘤。患者接受了经蝶鞍切除肿瘤的手术,肿瘤组织内显示TSH,生长激素和催乳素的免疫组化染色呈阳性反应。手术后一年,达到了甲状腺功能正常状态。之后,由于肿瘤复发,TSH和甲状腺激素水平升高,患者接受了第二次经蝶鞍切除肿瘤手术,并随后接受了伽马刀射线手术。这次,患者达到了甲状腺功能正常状态,维持了2.5年。但由于再次发作,他开始接受卡贝哌醇和奥曲肽的药物治疗,可持续维持正常甲状腺功能4年。复查MRI未发现垂体肿瘤,但在蝶窦发现了一个肿瘤。手术切除该肿瘤并未达到正常甲状腺功能状态。68Ga-DOTA-TATE PET / CT显示仍有残留组织从垂体区域延伸到蝶窦。患者在诊断时骨龄已经提前2年,并在诊断后的一年内增加了4年,随访期间仍保持不变,导致他在16岁时的最终身高比目标身高低3.3 SDS。TSHoma的诊断,治疗和随访具有挑战性,加速骨骼成熟导致的矮小是儿科TSHoma的并发症。 S. Karger AG,巴塞尔。
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