肾癌经历了明显的代谢转变，对免疫治疗干预表现出反应性。然而，肾细胞癌的代谢分类和代谢改变与免疫浸润之间的关联仍需进一步阐明。在TCGA队列中进行了无监督一致性聚类，以进行代谢分类，并比较了不同聚类之间的GESA、mRNAsi、预后、临床特征、突变负荷、免疫浸润和基因差异。基于代谢基因特征建立预后模型和Nomograms，并使用外部ICGC数据集进行验证。利用人类蛋白质图谱数据库和同济医院的免疫组织化学结果验证了正常组织和肿瘤样本中的基因表达水平。应用CCK8、凋亡分析、qPCR、皮下移植的小鼠模型和流式细胞分析研究ACAA2在肿瘤进展和抗肿瘤免疫中的作用。肾细胞癌分为3个代谢亚群，低代谢数据亚组显示出最差的预后、最高的侵袭性和AJCC分级、增强的免疫浸润但抑制性免疫表型。鉴定了ACAA2、ACAT1、ASRGL1、AKR1B10、ABCC2、ANGPTL4以构建6个基因标志预后模型，并使用ICGC队列内外部验证。ACAA2被证明是一种肿瘤抑制因子，并与更高的免疫浸润以及CD8+T细胞表达的PD-1升高相关。我们的研究提出了一种新的RCC代谢分类方法，并揭示了代谢表型和免疫表型之间的内在关联。已鉴定的基因标志可能是连接肿瘤代谢和肿瘤免疫的关键因素，并需要进一步深入研究。 ©2023年，作者。

癌睾抗原（CTAs）常表达于肿瘤和睾丸组织，但不表达于其他正常组织。迄今为止，还没有一项针对与子宫内膜癌（EC）发展相关的CTA基因表达和临床意义的全面研究。此外，CTA基因TTK蛋白激酶（TTK）在EC中的临床相关性、生物学角色和分子机制尚未被完全理解。我们全面调查了通过生物信息学方法分析TCGA数据库中的EC样本中与TTK过度表达相关的基因组、转录组和表观遗传学改变。我们还使用来自GEO数据库的EC样本的单细胞数据，进一步研究了与TTK失调相关的低生存机制。细胞功能实验用于确认TTK在EC细胞中的生物学作用。我们确定了80种CTA基因在EC中比正常组织更丰富表达，并且TTK的高表达与EC患者的低生存率显著相关。此外，ROC分析显示，TTK可以准确区分I期EC组织和良性子宫内膜样本，表明TTK具有成为早期EC检测生物标志物的潜力。我们发现TTK过度表达在高级别、晚期肿瘤、浆液性癌和TP53改变的EC患者中更为普遍。此外，在EC组织中，TTK表达与EMT相关基因呈强阳性相关性。在单细胞转录组数据中，我们确认了一种高表达TTK和已知上皮间充质转化（EMT）相关基因和转录因子的增殖细胞亚群。当增殖细胞根据TTK表达水平分组时，TTK高组中过表达的基因显示出在控制化疗耐药性方面的功能参与。利用shRNA抑制EC细胞中的TTK表达导致细胞增殖、侵袭、EMT和化疗耐药性均大幅度下降。进一步研究确定了microRNA-21（miR-21）作为TTK诱导的EMT和化疗耐药性的重要下游调节因子。最后，TTK抑制剂AZ3146在减少EC细胞生长和侵袭，并增强由紫杉醇引起的EC细胞凋亡方面具有良好效果。我们的研究结果确定了TTK作为EC的新生物标记物和尚未知的致癌功能的临床意义。本研究建议，TTK的治疗靶向可能为EC治疗提供可行途径。©2023年作者。

MET基因的改变，包括扩增和外显子14跳跃突变，已经被确认为可执行的致癌改变。然而，肺癌中很少检测到MET融合，并且它们对治疗的敏感性还没有进行系统分析。我们筛选了来自LAVA数据库的30876名肺癌患者和来自cBioPortal数据库的7966名患者的数据。收集了携带MET融合的患者的基本人口统计学和临床信息。对一名携带新颖的EML4-MET融合的肺鳞癌患者进行了克里索替尼治疗。此外，我们还对携带MET融合的患者病例及其治疗信息进行了文献综述。研究结果表明，MET融合仅在0.2％至0.3％的肺癌患者中发现, 几乎出现在MET基因的所有外显子中。有52.6％（41/78）的患者携带基因内MET融合。克里索替尼对MET融合，包括新发现的EML4-MET融合，在多种治疗方案失败后仍然有效。这表明获得性MET融合更具有区域性选择性，通常发生在编码细胞外区域的外显子中。有趣的是，原发性MET融合和获得性MET融合的融合基因非常不同，这表明疾病的不同功能和影响。综上，MET融合很少见，其中一半是基因内融合。携带原发性或获得性MET融合的肺癌患者可以从克里索替尼治疗中受益。此外，EML4-MET是本研究中首次报道的一种新型MET融合。©2023作者。

瓜陵菜根中分离出的天然化合物瓜陵菜酮能够通过不同机制体现出抗肿瘤活性，在许多种癌症中均有体现。然而，它在治疗预后欠佳的一种名为胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤方面的疗效尚未得到严格的研究。我们使用化合物作用模型来评估其在GBM中的作用。我们使用涂布瓜陵菜酮及CCK-8，集落形成和EdU实验，流式细胞术和跨嗎孔3D腫瘤球遷移和GBM腦器官剖面共同培養遷移實驗来评估增殖，生存，凋亡和侵入/迁移的特性。对瓜陵菜酮处于不同浓度下的处理细胞进行RNA测序分析，以确定瓜陵菜酮在GBM细胞中的抗肿瘤作用的潜在靶基因。对使用涂布瓜陵菜酮的细胞系和从正交异体移植中获得的样本进行了Western blot分析，免疫荧光和免疫组化分析以评估蛋白质水平。使用特异性激活剂识别介导作用的层次。结果表明，瓜陵菜酮明显抑制了GBM细胞的体外增殖，通过诱导线粒体凋亡、抑制与上皮间质转化（EMT）相关的蛋白质水平来抑制GBM细胞的侵袭和迁移。瓜陵菜酮通过RNA测序分析表明天然香豆素受体A（PDGFRA）是该药物下调的一个潜在靶标。PDGFRA蛋白和下游介体的分析表明，瓜陵菜酮抑制了PDGFRA/MEK/ERK信号。最后，按照实验协议给予小鼠瓜陵菜酮治疗，发现其肿瘤体积减少（第28天五倍差异）和增加存活率（第27天与第36天相比，分别为对照组和瓜陵菜酮处理组）相对于对照组。因此，我们的研究表明瓜陵菜酮通过靶向PDGFRA体现出GBM细胞的抗肿瘤活性，因此提供了一种治疗GBM的候选化合物。

肿瘤微环境(TME)与癌细胞的相互作用已成为大肠癌(CRC)转移的关键因素。少量经历上皮-间充质转化(EMT)的CRC细胞通过调节各种细胞成分，促进了TME的重塑。通过免疫组织化学分析、RNA免疫共沉淀(RIP)、RNA反义纯化(RAP)、双荧光素酶检测等方法研究LINC00543在CRC中的生物功能和调控。采用一系列体内外实验阐明了LINC00543在CRC转移中的作用。我们发现，长链非编码RNA LINC00543在结肠直肠癌组织中高表达，与CRC患者TNM分期进展和预后不良相关。LINC00543的过表达通过增强EMT和重塑TME促进了CRC细胞的肿瘤发生和转移。机制上，LINC00543阻止了pre-miR-506-3p跨越核-质转运蛋白XPO5的运输，从而减少成熟miR-506-3p的产生，导致FOXQ1表达增加并诱导EMT。此外，FOXQ1上调诱导CCL2表达，加速了巨噬细胞的招募和M2极化。我们的研究表明，LINC00543通过pre-miR-506-3p/FOXQ1轴增强了CRC细胞的EMT，导致CCL2增高，招募和M2极化巨噬细胞，从而刺激CRC的进展。©2023作者。

尽管第2型糖尿病（T2D）与结直肠癌发生风险的关系在临床研究中被广泛定义，但T2D诱导结直肠癌的治疗方法和分子机制以及高血糖如何影响其进展仍然未知。在这里，我们研究了乳铁蛋白（LF）在抑制T2D小鼠结肠癌进展中的作用，并揭示了相关的分子机制，包括DNA 5mC和RNA m6A水平。我们检查了LF（50％铁饱和度）对高浓度葡萄糖下结肠肿瘤细胞的迁移和侵袭的影响。然后，共同分析结肠肿瘤细胞的转录组和DNA甲基化谱图，筛选出特定基因（NT5DC3），并通过q-PCR和Western blot检测了NT5DC3在75个临床血液样品中的表达水平，以研究NT5DC3是否是区分T2D患者和T2D诱导结肠癌患者与健康志愿者的生物标志物。此外，在T2D小鼠移植结肠肿瘤模型中，研究了LF和NT5DC3蛋白对结肠肿瘤的抑制作用。此外，测量了由LF调节的NT5DC3的5mC / m6A修饰位点的表观遗传学改变。利用八种m6A相关基因的siRNA片段，证明了调节NT5DC m6A的特定基因（WTAP），最后评估了LF对WTAP / NT5DC3 / HKDC1轴的影响。共同分析转录组和DNA甲基化谱图筛选出了特定基因NT5DC3，而HKDC1可能是NT5DC3的下游传感器。从机理上讲，LF依赖的细胞DNA 5mC和RNA m6A表观重构调节NT5DC3的表达水平。 WTAP在调节NT5DC3 m6A修饰方面发挥关键作用，并随后控制NT5DC3下游靶点HKDC1的表达。此外，共同治疗乳铁蛋白和NT5DC3蛋白通过改变异常的表观遗传标记抑制结肠癌的生长。令人惊讶的是，临床血液样品分析表明，NT5DC3蛋白表达是区分T2D或T2D诱导结肠癌与健康人的必要条件。综上所述，本研究揭示了乳铁蛋白在高血糖状态下抑制结肠癌进展的重要因素，从而显著扩大了自然饮食介导的肿瘤抑制范围。©2023. 作者。

乳腺癌（BC）是女性第二常见的癌症和死亡原因。最近许多研究调查了长链非编码RNA（lncRNA）作为新型遗传因素对BC风险、生存、临床和病理特征的关联。最近的研究还调查了二甲双胍治疗2型糖尿病（T2D）作为一线治疗在lncRNA表达/调节或BC发病率、结果、死亡率和生存方面所起的作用。这项综合研究旨在回顾与BC特征相关的lncRNA，并确定二甲双胍调控的lncRNA及其在BC或其他类型癌症中的作用机制。最后，本文描述了二甲双胍通过调节包括GAS5、HOTAIR、MALAT1和H19在内的五个与BC相关的lncRNA来影响BC，并描述了本文中所描述的几种分子机制。此外，本文还描述了二甲双胍通过调节包括AC006160.1、Loc100506691、lncRNA-AF085935、SNHG7、HULC、UCA1、H19、MALAT1、AFAP1-AS1和AC026904.1在内的十个lncRNA来调节其他类型癌症的作用。©2023年作者。

在过去的十年中，用于治疗血液恶性肿瘤的嵌合抗原受体（CAR）-T细胞疗法经历了巨大的进展。然而，仍需解决一些关键限制，以进一步提高疗效、减轻毒性，以确保CAR-T细胞的持久性、到达肿瘤部位、抵抗恶性肿瘤微环境（TME）和限制毒性，通过释放能够将免疫抑制TME转化为有利于免疫排斥的因子以实现对TME的上下文释放，从而改善强大但潜在有毒的生物制品的产生。我们使用聚集的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）激活（CRISPRa）系统创建了一种HER2-靶向CAR-T（RB-312），该系统通过条件转录其两个内源亚单位p35和p40来诱导IL-12异源二聚体的表达。该电路包括两个慢病毒构建体。第一个（HER2-TEV）表达抗人表皮生长因子受体2（HER2）CAR单链变量片段（scFv），带有CD28和CD3z共刺激结构域，链接到烟草切割病毒（TEV）蛋白酶和两个单导RNA（sgRNA），分别针对亚型互素（IL）-12A和IL12B转录起始位点（TSS）。第二个构建体（LdCV）编码激活T细胞的链接蛋白（LAT），通过TEV可切割序列（TCS）与核酸酶失活链球菌（dCas9）-VP64-p65-Rta（VPR）融合。CAR的激活将HER2-TEV与LdCV带至近距离接触，释放dCas9进行核定位。这种条件电路导致条件性和可逆诱导IL-12 / p70异源二聚体表达。在体外，RB-312与控制组（cRB-312）和常规HER2 CAR（convCAR）进行了比较。诱导性CRISPRa系统激活内源性IL-12表达，导致增强的次生干扰素（FN）-γ产生，细胞毒性和CAR-T增殖，以及体内持续时间延长，抑制HER2 + FaDu口咽癌细胞生长，与常规CAR-T细胞产品相比。周围循环中未检测到系统性IL-12。此外，与程序性死亡配体（PD-L1）阻断相结合显示出强大的协同作用。RB-312是第一个具有CRISPRa系统的临床相关产品，具有非基因编辑和可逆上调内源基因表达的功能，促进CAR-T细胞对HER2表达的肿瘤治疗的持久性和有效性。可逆且纳米级别的IL-12产生的自分泌作用限制了肿瘤外泄和系统性毒性的风险。©2023年作者（们）。

胞浆激活/增殖相关蛋白-1（Caprin-1）参与了癌细胞增殖和肿瘤发生，但其在食管癌（ESCA）发展中的作用尚未研究。本研究使用生物学方法和数据分析研究了Caprin-1在ESCA组织和细胞系中的表达情况，全面分析了Caprin-1的mRNA表达和预后价值、ESCA信号通路，并利用公共数据库在线研究了CAPRIN1的生物学功能。通过颜色增殖检测、EdU染色、克隆形成、流式细胞术、凋亡分析、Western印迹、乳酸检测和细胞外酸化速率等方法，研究了CAPRIN1的作用机制。此外，构建异种移植瘤模型验证了Caprin-1沉默对表型的影响。结果显示，Caprin-1在ESCA肿瘤组织和细胞系中的表达显著升高，而在正常相邻组织和成纤维细胞中的表达较低。提高的CAPRIN1 mRNA表达与临床预后和诊断准确性密切相关。GO富集和KEGG途径分析表明，CAPRIN1可能与免疫相关术语、蛋白质结合过程和代谢途径有关。55个ESCA患者中，高Caprin-1蛋白水平与淋巴结转移（P=0.031）、ki-67（P=0.023）和18F−FDG PET/CT参数（SUVmax（P=0.002）和SUV平均值（P=0.005））呈显著正相关。在SUVmax 17.71和SUVmean 10.14的截断值下，18F−FDG PET/CT成像预测ESCA样品中的Caprin-1表达具有70.8%的敏感性和77.4%的特异性。体外和体内实验表明，Caprin-1敲下影响了ESCA瘤体生长。沉默Caprin-1抑制了ESCA细胞的增殖和糖酵解，并降低了转移酶类似物3（METTL3）和威廉姆斯肿瘤1结合蛋白（WTAP）的表达。但是，恢复METTL3和WTAP表达可部分逆转这种效应。我们的数据表明，Caprin-1可以作为一种预后生物标志物，并在ESCA中具有致癌作用。 ©2023年作者。

继承性视网膜退行性病变是发达国家中不可治愈的视力损失的主要原因。虽然自体诱导多能干细胞介导的光感受器细胞替代在理论上是可能的，但缺乏专门设计用于启用特定患者治疗的高通量并行生产的商业可用技术，已妨碍了临床研究。在这项研究中，我们描述了使用Cell X精密机器人细胞培养平台以启用临床级别患者特异性iPSCs的并行生产。Cell X位于符合ISO 5级cGMP标准的封闭无菌隔离器（Biospherix XVivo X2）内，从成纤维细胞培养到iPSC生成、克隆扩增和视网膜分化的所有程序均在其中执行。运用评分卡分析确定使用Cell X平台生成的患者iPSCs是多能的，并通过核型分析确保其具有遗传稳定性。通过免疫染色和共聚焦显微镜确定，使用Cell X平台生成的iPSCs产生的视网膜器官样体与手动生成的iPSCs产生的样本无异。此外，在分化后120天的单细胞RNA测序分析中，使用Cell X平台生成的细胞与在另一个实验室中手动条件生成的细胞相当。我们已成功开发了机器人iPSC生成平台和标准操作程序，用于生产与当前良好制造实践相容的高质量光感受器前体细胞。此系统将启用自体视网膜细胞替代的临床级别iPSC生产。 ©2023 作者。