计算算法和工具的进步使得使用计算病理学来预测癌症患者预后成为可能。然而，从治疗前组织病理图像中预测临床结果仍是一个具有挑战的任务，这一点受到了肿瘤免疫微环境理解不足的限制。本研究描述了一种全幅切片图像（WSI）的特征提取流水线，名为基于图像的病理注册和分割统计（IMPRESS），该流水线具有自动、准确、全面、可解释和可重复性的特点。我们使用了H&E和多重免疫组化（PD-L1、CD8+和CD163+）图像，并研究了使用自动特征提取方法的人工智能（AI）算法能否预测HER2阳性（HER2+）和三阴性（TNBC）乳腺癌患者的新辅助化疗（NAC）结果。从肿瘤免疫微环境和临床数据中提取的特征被用于训练机器学习模型，以准确地预测乳腺癌患者对NAC的反应（HER2+ AUC = 0.8975；TNBC AUC = 0.7674）。结果表明，该方法的表现优于由病理学家手动生成的特征训练所得的结果。这些图像特征和算法经过外部验证后，尤其是对HER2+亚型具有良好的预测效果。 © 2023. 作者（们）保留所有权利。

在过去的二十年中，转移性结直肠癌（CRC）连续临床试验的中位总生存期在对照组和实验组方面均稳步改善。但是，未进行试验治疗的转移性CRC患者的生存增量尚未定量化。我们对在2004年至2019年期间在德克萨斯大学M.D.安德森癌症中心（UTMDACC）接受一线治疗的1420名原发性转移性CRC患者进行了回顾性研究。对于2004年至2012年诊断的患者，中位总生存期大致稳定（22.6个月），但对于2013年至2015年和2016年至2019年诊断的患者，中位总生存期稳步改善（分别为28.8个月和32.4个月）。同样，五年生存率从2004年至2006年诊断的患者的15.7%增加到2013年至2015年诊断的患者的26%。值得注意的是，具有BRAFV600E突变或微卫星不稳定（MSI-H）肿瘤的患者的生存状况也有所改善。多元回归分析确定，外科切除肝转移（HR = 0.26，95% CI，0.19-0.37），使用免疫疗法（HR = 0.44，95% CI，0.29-0.67）和使用第三线化疗（regorafenib或trifluridine/tipiracil，HR = 0.74，95% CI，0.58-0.95），而不是诊断年份（HR = 0.99，95% CI，0.98-1），与更好的生存状态相关，表明这些疗法的增加是观察到的生存改善的驱动力。 © 2023.作者（们）。

带有致癌基因 EML4-ALK 融合的肺癌对靶向酪氨酸激酶抑制剂（TKI，例如阿来替尼）做出反应，但在疗效缩小程度和治疗持续时间 (DOT) 方面存在差异。然而，控制该反应的因素仍不清楚。虽然免疫系统在介导免疫疗法反应方面的贡献得到了广泛研究，但对免疫对 TKI 治疗反应的贡献了解较少。我们之前证明了 TKI 诱导的干扰素γ (IFNγ) 转录反应与 EGFR 突变肺癌中 DOT 呈正相关。在这里，我们使用 EML4-ALK 肺癌的三个小鼠模型来测试宿主免疫在阿来替尼治疗反应中的作用。细胞系（EA1、EA2、EA3）在免疫能力正常和免疫缺陷小鼠的肺部原位增殖，然后用阿来替尼治疗。肿瘤体积通过微计算机断层扫描逐步测量，免疫细胞含量通过流式细胞术和多光谱免疫荧光测量。RNAseq 评估了对阿来替尼的转录反应，ELISA 测量了分泌的趋化因子。所有细胞系在体外和免疫能力正常小鼠的原位肿瘤上对阿来替尼的敏感性相似，并表现出持久的收缩。然而，在免疫缺陷小鼠中，所有肿瘤模型都迅速在 TKI 治疗中进展。在免疫能力正常的小鼠中，EA2 肿瘤表现出完全反应，而 EA1 和 EA3 肿瘤保留残留疾病，在 TKI 治疗终止后快速进展。在治疗之前，EA2 肿瘤与 EA1 肿瘤相比，具有更多的 CD8+ T 细胞和较少的中性粒细胞。此外，从未治疗的肿瘤中恢复的癌细胞的 RNAseq 结果显示，EA2 肿瘤中 CXCL9 和 10 的水平升高，而 EA1 肿瘤中 CXCL1 和 2 的水平更高。来自 ALK+ 肿瘤的治疗前患者活检分析表明，中性粒细胞含量与疾病进展时间缩短有关。总之，这些数据支持适应性免疫在 TKI 反应持久性中的作用，并证明肿瘤微环境中的免疫细胞组成预测了对阿来替尼治疗的反应。 ©2023年。作者（们）保留所有版权。

尽管治疗方案包括手术、化疗和放射治疗的进步，但许多脑肿瘤的预后仍然不宜乐观，特别是当它们复发时更是如此。脑肿瘤与敏感的神经结构所处的位置经常妨碍完全的手术切除。全身治疗的毒性和长期副作用仍然令人担忧。新颖的治疗方法是必要的。NK细胞癌症治疗领域呈指数级增长，目前已成为免疫治疗创新的主要领域。这为治疗脑部恶性病变提供了新的途径。在本综述中，我们探讨了脑肿瘤微环境抑制NK细胞介导的肿瘤控制的机制，以及正在使用的创建NK细胞产品以抵制免疫抑制的方法。我们讨论了评估以NK细胞为基础的针对几种神经恶性肿瘤的临床前研究，并强调了NK细胞的分子成像技术的进展，该技术允许监测NK细胞为基础的治疗。我们回顾了当前和正在进行的神经肿瘤学领域以NK细胞为基础的临床试验。©2023年。作者(们)。

内分泌疗法（ET）与CDK4/6抑制联合常规用于HR+/HER2-转移性乳腺癌（MBC）患者的一线治疗。然而，30-40%的患者很快就发展成疾病进展。在这项开放标签的多中心临床试验中，我们利用基于蛋白质/磷酸蛋白的假说驱动方法，在治疗前组织活检中鉴定了ET加CDK4/6抑制的反应预测标记。通过反相蛋白微阵列从微切割肿瘤上皮和周围的基质/免疫细胞中生成通路中心的信号剖面。与反应者（p=0.02）相比，CDK4/6下游底物Rb（S780）和FoxM1（T600）的磷酸化水平在进展性疾病（PD）患者中更高。在肿瘤上皮和基质/免疫细胞中检测到系统性PI3K/AKT/mTOR激活，这种激活并不能仅仅由基因组变化解释。随着FDA批准的靶向化合物数量的增加，功能性基于蛋白质的信号分析可能成为MBC患者反应预测和治疗选择的关键组成部分。©2023年作者。

联合使用BRAF+MEK抑制剂已被FDA批准用于BRAF V600E突变实体肿瘤，但在结直肠癌方面除外。然而，除了MAPK介导的耐药机制外，还存在其他多种抵抗机制，如激活CRAF、ARAF、MET、P13K/AKT/mTOR途径等复杂途径。在VEM-PLUS研究中，我们对四个一期研究进行了汇总分析，评估了贝伐单抗单药和贝伐单抗联合靶向治疗（索拉非尼、克唑替尼或依维莫司）或卡铂加紫杉醇治疗携带BRAF V600突变的晚期实体肿瘤的安全性和疗效。当比较贝伐单抗单药和联合方案时，除了缺乏显著的OS或PFS持续时间外，在贝伐单抗和紫杉醇卡铂试验及交叉患者中存在劣质OS（P = 0.011；HR，2.4；95% CI，1.22-4.7）。与BRAF治疗难治组相比，先前没有接受BRAF抑制剂治疗的患者在12.6个月时的OS明显改善，而难治组仅为10.4个月（P = 0.024；HR，1.69；95% CI 1.07-2.68）。原发性PFS在两组之间也具有统计学意义，BRAF治疗初次使用组为7个月，而BRAF治疗难治组为4.7个月（P = 0.016；HR，1.80；95% CI 1.11-2.91）。贝伐单抗单药试验中的确证ORR（28%）高于联合试验。我们的研究表明，与贝伐单抗单药相比，贝伐单抗与细胞毒性化疗或RAF-或mTOR靶向药物的联合治疗并不能显著延长患有BRAF V600E突变实体肿瘤的患者的OS或PFS。有必要更好地了解BRAF抑制剂耐药的分子机制，并平衡毒性和疗效，采用新的试验设计。 © 2023. The Author(s)。

ACE2在结直肠癌患者中的过表达可能增加对SARS-CoV-2感染的易感性。我们报告了在人结肠癌细胞中进行ACE2-BRD4交互作用的敲除、强制过表达和药物抑制，以介导DNA损伤/修复和凋亡方面的显著变化。对于高ACE2和高BRD4表达预测生存不良的结直肠癌患者，全BET抑制需要考虑不同BET蛋白质的促病毒/抗病毒作用在SARS-CoV-2感染期间。©2023. 作者。

我们设计了一种液体活检（LB）平台，采用低通全基因组测序（LP-WGS）和靶向测序细胞游离DNA（cfDNA），从血浆中检测儿童实体肿瘤的基因组范围复制数变异（CNAs）和基因融合。共分析了来自19个对照组和73名患者的143个血浆样本，包括44个骨骼或软组织肉瘤和12个肾、10个生殖细胞、5个肝和2个甲状腺肿瘤。cfDNA可从诊断时、治疗期间和/或复发时收集的血浆中分离。26/37（70%）未经放疗、手术或化疗而在诊断时入组的患者中，基于从LP-WGS中检测CNAs的循环肿瘤DNA（ctDNA）检测，有18/27（67%）患有局部疾病和8/10（80%）患有转移性疾病。对照组均未检测到体细胞CNAs的存在。LP-WGS检测到的CNAs与匹配肿瘤中的染色体微阵列分析检测到的CNAs高度一致。利用OncoKids®我们的下一代测序（NGS）平板在肿瘤样本中检测到的突变，在14个26个血浆样本的ctDNA中也可检测到。最后，我们开发了一种基于杂交捕获面板，用于靶向骨肉瘤或肺泡型横纹肌肉瘤（ARMS）患者的EWSR1和FOXO1融合。在12名骨肉瘤患者和2名ARMS患者的血浆中检测到融合。综上所述，这些数据表明我们的LB平台在评估不同实体肿瘤的儿童患者方面具有临床适用性。 ©2023。作者。

了解与前列腺癌（PCa）进展和对激素治疗的耐受性相关的分子特征对于确定可用于治疗晚期疾病并延长患者生存的新靶点至关重要。尽管糖链在细胞表面具有高密度，因此具有极大的生物标志物和治疗靶点潜力，但在晚期PCa的背景下，糖基组仍相对未被开发。我们使用成像质谱技术（IMS）在131名代表PCa主要疾病状态的患者的肿瘤组织中进行N-连接糖基的省略，以确定与肿瘤细胞分化丧失、疾病缓解、治疗耐受性和疾病复发以及NE分化（这是治疗失败的主要机制）相关的糖基化变化。我们的结果表明，在PCa的不同阶段中，糖基化模式发生了显着变化，尤其是与疾病缓解相对应的三角和四角糖基的减少，随后是这些结构从耐药性PCa的转变的增加，以及与NE分化相关的复杂的N-糖基的下调。此外，非葡萄糖化和单葡萄糖化的甘露糖9在耐药性PCa中均表现出异常的上调，这可能是有用的治疗靶点，因为这些结构通常不在健康组织中出现。我们的研究结果描述了激素治疗和去势耐受性PCa（CRPC）发展中发生的肿瘤糖基组变化，识别出几种可能用于诊断或治疗目的的糖基标记和特征。© 2023年作者。

BRAF基因突变是影响儿童低级别胶质瘤的重要致病因子，然而BRAF基因改变对成年胶质瘤的临床进程和治疗反应的含义仍不清楚。在本文中，我们采用临床、病理/分子和转归数据，对超过300例BRAF-mutated胶质瘤患者进行多机构队列特征鉴定，其中包括超过200名成年患者。我们观察到成年人和儿童BRAF-mutant胶质瘤具有明显不同的临床和分子特征，儿童肿瘤中BRAFV600E（Class I）和BRAF融合的发生率更高。BRAFV600E突变在成年胶质瘤整体中与生存率的提高相关，但在胶质母细胞瘤中不相关。观察到的其他基因组突变在功能类别内是与BRAF突变类别在胶质瘤发病学中的潜在角色相一致。在我们的成年队列中，BRAFV600E突变表现出对靶向治疗的敏感性。总的来说，这个庞大的BRAF改变的成年胶质瘤队列呈现出广泛的分子变化，并对治疗敏感性和生存率产生了影响。©2023. 作者（们）。