研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
查看全部
Epigenetics
2023 Dec
WangjinXu,WeiyangLou...
A key regulatory loop AK4P1/miR-375/SP1 in pancreatic adenocarcinoma.
Epigenetics
胰腺癌腺癌是致命人类癌症类型之一,以其差劣预后而臭名昭著。采用一系列生物信息学分析和实验验证来探索假基因衍生RNA在胰腺腺癌中的作用和机制。因此,共鉴定了13个上调和7个下调的胰腺腺癌假基因衍生RNA。生存分析显示AK4P1在胰腺癌患者的不良预后中具有统计预测作用。亚细胞定位分析表明,在细胞质中,AK4P1可能与胰腺腺癌中的肿瘤抑制miR-375发生竞争性结合。进一步分析表明,在胰腺癌中,SP1是miR-375的潜在下游靶基因。有趣的是,表达确定验证了SP1可以积极地调节胰腺腺癌中的AK4P1水平。最后,AK4P1在胰腺癌中也可能通过与致癌的原代基因AK4相互作用发挥其效应。总之,本研究阐明了胰腺腺癌中关键的调节环AK4P1/miR-375/SP1。
Visits: 51
Epigenetics
2023 Dec
AngSun,PyounghwaPark...
Non-pathogenic microbiota accelerate age-related CpG Island methylation in colonic mucosa.
Epigenetics
DNA甲基化是一种表观遗传过程,在癌症和衰老中发生变化。与生物无菌小鼠相比,年龄相关的甲基化漂移可以用来估计寿命,可以受到膳食等外部因素的影响。在这里,我们报告说,非致病性微生物群加速了结肠的年龄相关甲基化漂移,而这种漂移与无菌小鼠相比更明显。DNA甲基化分析结果显示,微生物群和IL10KO分别与CpG位点的5%和4.1%的变化相关,而具有这两种因素的小鼠有18%的变化。微生物群,IL10KO和它们的组合分别改变了0.4%,0.4%和4%的CpG岛甲基化。这与结肠癌症的表观遗传学变化相似。IL10KO小鼠随着微生物群的增加,加速了衰老过程,而受影响的基因更可能在结肠癌症中发生改变。因此,微生物群影响结肠的DNA甲基化,呈现出与衰老和结肠癌症中观察到的类似模式。
Visits: 52
Epigenetics
2023 Dec
RaulasKrusnauskas,Ry...
Identification and comparison of m6A modifications in glioblastoma non-coding RNAs with MeRIP-seq and Nanopore dRNA-seq.
Epigenetics
最显著的RNA修饰物- N6-甲基腺嘌呤(m6A)- 可影响基因调控和癌症进展。然而,m6A在长非编码RNA(lncRNA)中的程度和影响仍不清楚。目前最成熟的m6A检测方法是甲基化RNA免疫沉淀和测序(MeRIP-seq)。然而,牛津纳米孔技术最近开发了直接RNA测序(dRNA-seq)方法,可在更高分辨率和本地形式下进行m6A识别。我们对U87-MG胶质母细胞瘤细胞系进行了整个转录组测序,使用MeRIP-seq和dRNA-seq两种方法。对于MeRIP-seq,使用nf-core/chipseq来鉴定m6A peak,对于dRNA-seq则使用EpiNano流程。 MeRIP-seq分析识别出5086个lnRNA转录本,而dRNA-seq则从中识别出336个lnRNA转录本,其中有556个和198个被发现是m6A修饰的。同时也有24个m6A重叠的lncRNAs。Gliovis数据库分析表明,识别出的重叠lncRNAs的大部分表达与胶质瘤分级或患者生存预后相关。我们发现,在所提供的24个修饰的lncRNAs清单中,m6A出现的频率差异超过9倍。MIR1915HG,THAP9-AS1,MALAT1,NORAD1和NEAT1(49-88nt)的m6A频率最高,而MIR99AHG,SNHG3,LOXL1-AS1和ILF3-DT的m6A频率最低(445-261nt)。综上所述,(1)我们提供了一个高精度的U87-MG细胞中24个m6A修饰的lncRNAs清单; (2)我们总结出,由于其更高的lncRNA覆盖范围,MeRIP-seq更适合进行m6A筛选研究,而当需要更深入的m6A数量和精确位置分析时,dRNA-seq最有用。本文缩写:(dRNA-seq)直接RNA测序,(GBM)胶质母细胞瘤,(LGG)低级别胶质瘤,(lncRNAs)长非编码RNA,(m6A)N6-甲基腺嘌呤,(MeRIP-seq)甲基化RNA免疫沉淀和测序,(ncRNA)非编码RNA,(ONT)牛津纳米孔技术,(Lietuvos Mokslo Taryba)立陶宛科学委员会。
Visits: 49
Epigenetics
2023 Dec
QiZhang,ShuimeiLuo,Y...
Upregulation of KHDC1L promotes the proliferation and inhibits apoptosis in head and neck squamous cell carcinoma.
Epigenetics
头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)一直是一种恶性肿瘤,临床疗效不佳,新出现的证据表明RNA结合蛋白(RBPs)与该疾病的演变有关。被归类为RBPs的K-同源结构域1(KHDC1)家族被证明与细胞生存和死亡密切相关。作为一个新的KHDC1成员,目前仅有一项研究在骨关节炎滑膜细胞中揭示了KHDC1L促进增殖的功能。然而,据我们所知,KHDC1L在人类肿瘤中的作用尚未完全探索。基于The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库和细胞系与该研究中正常对照组的比较,我们首次发现KHDC1L在HNSCC中过度表达。根据生物信息学分析,凋亡和P53途径在TCGA数据库的KHDC1L低表达组中显著富集。此外,通过体外实验验证,我们发现KHDC1L的上调可以促进HNSCC CAL27细胞的增殖,并抑制细胞凋亡。转录组测序确定下游差异表达基因在PI3K-AKT途径中显著富集。此外,我们通过Western blot验证,在KHDC1L上调组中,pAKT / AKT和Bcl-2表达水平增高,BAX的表达保持不变,Cas pase-3和PARP-1的活性降低。总之,我们的研究首创地阐明了KHDC1L通过AKT和Bcl-2途径促进HNSCC CAL27细胞的增殖并抑制细胞凋亡,为寻找HNSCC新的诊断和治疗靶点迈出了重要的一步。
Visits: 49
Epigenetics
2023 Dec
XiyuDai,XinanChen,We...
CircDHRS3 inhibits prostate cancer cell proliferation and metastasis through the circDHRS3/miR-421/MEIS2 axis.
Epigenetics
前列腺癌是男性全球最常见的癌症类型。环状RNA (circRNA) 在前列腺癌中的重要性及其与恶性的联系已得到逐渐认识。通过前列腺癌的circRNA测序获得circRNA表达,进一步分析circRNA及其功能。通过qRT-PCR、RIP测定、FISH、RNA pulldown、WB、CCK-8、群体形成实验和伤口愈合实验进行验证。使用BALB/ c裸鼠作为异种移植宿主。在前列腺癌中评估了circDHRS3的低表达。circDHRS3的过表达抑制前列腺癌在体外生长和迁移。此外,通过荧光原位杂交和双荧光素酶实验,显示miR-421是circDHRS3的下游靶标。针对PC3和Du145细胞系的救援实验结果表明,通过circDHRS3/miR-421/MEIS2轴调节MEIS2表达可以抑制前列腺癌细胞系的增殖和转移。体内研究证实,circDHRS3的过表达可以抑制前列腺癌细胞的肺部和骨骼转移。circDHRS3具有成为前列腺癌生物标志物和靶向治疗位点的潜力,特别是在恶性阶段。我们的研究表明,circDHRS3通过circDHRS3/miR-421/MEIS2轴抑制前列腺癌细胞的增殖和转移。
Visits: 49
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
2023 Feb 15
WaqarAhmad,MuhammadZ...
Assessment of potentially toxic metal(loid)s contamination in soil near the industrial landfill and impact on human health: an evaluation of risk.
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
随着快速城市化和工业化的进行,固体废物的产生每天都在增加,已成为国际社会关注的问题。垃圾填埋场的渗滤液泄漏会污染土壤,并有潜在的危害人体健康。本文采用电感耦合等离子体-光发射光谱分析法对土壤样品中的金属(Ba、Cd、Pb、Hg、Cu、Cr和Mn)和类金属元素(As)的组成进行评估和分析。得出的Cr、Mn、Cu、As、Ba、Cd、Pb和Hg结果来自于San Joaquin 土壤的CRM(认证参考物质,SRM 2709a),以回收率百分比的形式进行评估和报告,其范围为97.6-102.9%,显示出出色的萃取效率。除了铜,欧盟在土壤中设定的允许限值为50-140 mg/kg之外,所有金属的平均含量都在WHO、欧洲联盟(EU)和美国EPA规定的可允许限值范围内。 受Hg(PERI = 100)和Cd(PERI = 145.50)污染的土壤具有显著的生态风险。污染负荷指数(PLI)值大于1,而污染程度(Cdeg)值小于32,说明土壤受到金属和类金属元素的污染和相当的污染。以土壤的平均日剂量(ADD)为衡量标准,儿童所接受的所有金属的剂量最高(ADDing = 1.315 × 10-7 - 2.470 × 10-3,ADDderm = 9.939 × 10-7 - 5.292 × 10-11),而成人的ADDing(1.409 × 10-8 - 2.646 × 10-4)较大。除了Ba外,所有金属在儿童和成人中的危害系数(HQ)趋势均为HQing > HQderm > HQinh。处于癌症风险较低的儿童通过多种途径暴露于土壤中,Cr的终身癌症风险(LCR)为2.039×10-4。 © 2023. 作者(们)独家授予Springer Nature B.V.专用许可。
Visits: 54
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
2023 Feb 20
BingjieQu,ShiqiangWu...
Geographical pattern of minerals and its association with health disparities in the USA.
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
这项研究旨在确定健康相关矿物质在美国地理分布上的共同潜在模式,并评估这些模式对整体人口健康的现实累积影响。这是一项生态学研究,使用涵盖3080个毗连县的数据(即铝、砷、钙、铜、铁、铅、镁、锰、汞、磷、硒、钠、钛、锌的14种矿物质的浓度(即河流沉积物或表层土壤)以及整体健康状况(包括出生时寿命、年龄特定的死亡风险和原因特定的(由21个相互排斥的组总结)死亡率)。采用潜类分析(LCA)来识别与寿命有关的矿物质的共同聚类,基于其浓度特征。然后进行多元线性回归分析,以考察LCA派生的聚类与健康测量之间的关系,并进行潜在混杂因素的调整。砷、钙、硒、钠和锌这五种矿物质与寿命有关,并在LCA中进行了分析。在美国共确定了三个聚类,即“常见”(n = 2056, 66.8%)、“贫瘠”(n = 739, 24.0%)和“丰富”(n = 285, 9.3%)。拥有“贫瘠”特征的县的居民与寿命最短、各年龄段的死亡风险最高以及许多原因的死亡率最高有关,包括:心血管疾病、恶性肿瘤、神经系统疾病、慢性呼吸系统疾病、糖尿病、泌尿生殖器官、血液和内分泌疾病等五种主要死因。调整混杂因素后,结果仍具有统计学意义。我们的研究为解释美国的健康差异提供了新的环境地球化学视角。 ©2023. 作者(们)已独家授权Springer Nature B.V.
Visits: 59
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
2023 Feb 24
XuLiu,ChaoshengZhang...
Identification of the spatial patterns and controlling factors of Se in soil and rice in Guangxi through hot spot analysis.
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
硒(Se)对人类健康至关重要,具有抗癌、抗氧化和抗病毒的特性。本研究采用热点分析法,研究了广西农业土壤中稻米硒的空间分布特征及其与土壤硒之间的变化关系。根据热点和冷点地图显示,广西农业土壤中稻米硒与土壤硒呈正相关。在广西中部(如柳州、来宾)高稻米硒伴随着高土壤硒,而在西部(如百色)低稻米硒与低土壤硒相对应。然而,热点分析地图表明,广西西南部地区具有低稻米硒和高土壤硒的特殊特征(如崇左市)。这种特殊模式与碳酸岩区域中的高浓度铁氧化物(铁锰结核)密切相关。热点分析法对揭示广西稻米硒的空间分布特征和隐藏模式具有重要作用。© 2023. 作者和 Springer Nature B.V. 独家许可。
Visits: 46
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
2023 Mar 01
PaolaRomero-Crespo,S...
Trace elements in farmland soils and crops, and probabilistic health risk assessment in areas influenced by mining activity in Ecuador.
ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH
在污染土壤中生长的食物可能是污染物的重要人类暴露途径,包括有毒元素。本研究旨在调查爱瑞卡多(厄瓜多尔最重要的金矿区之一)果园收集的农田土壤和庄稼中微量元素的污染水平。分析土壤和庄稼样品(芹菜、韭菜、玉米、香草、莴苣、萝卜、绿豆、木薯和胡萝卜)中砷(As)、镉(Cd)、铬(Cr)、铜(Cu)、镍(Ni)、铅(Pb)和锌(Zn)的浓度。此外,进行了概率人类健康风险评估,以危险系数(HQ)和癌症风险(CR)评估了当地庄稼食用的潜在风险。土壤中的As、Cr、Cu和Ni的含量超过了厄瓜多尔的农业土壤质量指南。当地农作物的微量元素含量高于联合国粮食和农业组织(FAO)制定的最大允许水平。当地庄稼食用的HQ和CR比安全暴露阈值高几个数量级,主要是莴苣、韭菜和萝卜。我们的研究结果表明,该研究区居民暴露于长期食用高微量元素的食品所导致的致癌和非致癌影响。该研究为评估矿区中迹象污染的农业土壤和庄稼的质量,确保消费者食品安全的需求提供了启示。©2023,作者(们)。
Visits: 52
ENVIRONMENTAL HEALTH PERSPECTIVES
2023 Jan
ChristineRLangton,Qu...
Soy-Based Infant Formula Feeding and Uterine Fibroid Development in a Prospective Ultrasound Study of Black/African-American Women.
ENVIRONMENTAL HEALTH PERSPECTIVES
子宫肌瘤是高普及率的良性肿瘤,它们是子宫切除术的主要理由,黑人女性的负担不成比例。以大豆为基础的婴儿配方奶粉含有植物雌激素,敏感发育期间的暴露可能会对发育中的子宫产生不利影响。啮齿动物的早期植物雌激素治疗导致女鼠子宫的不良反应,包括风险增加的 Eker 鼠肌瘤。有限的流行病学研究也暗示了大豆配方婴儿喂养与肌瘤的发生有关。本研究的目的是研究婴幼儿期的大豆配方喂养与成年期肌瘤发展之间的关系。我们在年龄在 23-35 岁的 1,610 名黑人/African-American 女性中评估了这种关联,他们参加了环境、生活方式和肌瘤研究计划 (SELF)。大豆配方喂养数据直接从参与者的母亲 (89%) 收集。在 5 年内的 4 次临床访问过程中进行了标准超声检查,以检测直径≥0.5厘米的肌瘤。我们使用 Cox 比例风险回归来估计大豆配方喂养与发病肌瘤之间的危险比 (HRs) 和 95% 置信区间 (CIs),并对早期和成年因素进行了调整。肌瘤生长是以对比连续访问的肌瘤的对数体积的变化来计算的。在基线时没有肌瘤的 1,121 名参与者中,有 150 名 (13%) 在婴儿时期曾经喂养大豆配方奶粉,269 名 (24%) 发生了肌瘤。我们没有观察到被喂养大豆配方奶粉与发生肌瘤的风险有关联 (HR=1.08;95% CI:0.75、1.54)。然而,出生后 2 个月内和 >6 个月 (n=53) 喂养大豆配方奶粉的参与者与那些从未喂养大豆配方奶粉的参与者相比,患发病肌瘤的风险有所增加 (HR=1.56;95% CI:0.92、2.65)。肌瘤生长速率没有差异。该前瞻性肌瘤研究支持有限的人类数据,发现在婴儿时期使用基于大豆的配方奶粉与成年期超声识别的肌瘤发生有所增加。 https://doi.org/10.1289/EHP11089。
Visits: 52