幽门螺杆菌（HP）是胃中最常见的致病微生物，可诱发胃粘膜炎症反应，引起慢性胃炎甚至胃癌。 HP感染影响全球超过44亿人，全球感染率高达50%。 HP的多重耐药性给根除带来了严峻的挑战。事实证明，与铋剂四联疗法相比，清热化湿汤联合三联疗法的根除率相当，但不良反应发生率较低；此外，QHD在体外可直接抑制和杀灭HP。探讨QHD对临床多重耐药和强生物膜形成HP的作用及机制。本研究在HP胃镜检查时活检后体外分离12株HP菌株- 感染的患者。在体外，分别通过E-test方法和结晶紫染色确定临床HP菌株的最低抑菌浓度（MIC）值和生物膜定量。选择HP生物膜形成能力最强的菌株，评估QHD对生物膜形成能力最强的菌株的抑制和杀菌效果。该评估是使用琼脂稀释、电子测试、杀伤动力学和透射电子显微镜 (TEM) 进行的。该研究还探讨了 QHD 对这些具有强烈生物膜形成的 HP 菌株抗生素耐药性的影响。采用结晶紫法、扫描电子显微镜、激光共焦扫描显微镜和(p)ppGpp色谱鉴定方法评价QHD对强生物膜形成HP菌株生物膜的影响。通过定量聚合酶链反应评估 QHD 对生物膜和外排泵相关基因表达的影响。采用UHPLC-MS/MS非靶向代谢组学技术鉴定NC组和QHD组之间不同的潜在代谢途径和生物标志物。HP在体外可以形成不同程度的生物膜，形成的强度与耐药性相关的应变。 QHD对HP具有较强的抑菌和杀菌作用，MIC为32-64 mg/mL。 QHD可以抑制强生物膜形成HP菌株的生物膜形成，破坏生物膜结构，降低(p)ppGpp的积累，减少生物膜相关基因的表达，包括LuxS、Spot、glup (HP1174)、NapA和CagE，并减少外排泵相关基因的表达，例如 HP0605、HP0971、HP1327 和 HP1489。根据代谢组学分析，QHD可诱导HP氧化应激，增强代谢，并可能通过上调腺苷单磷酸（AMP）抑制相关信号通路，从而影响HP生长、代谢和蛋白质合成。QHD对HP发挥抑菌和杀菌作用，并且通过抑制HP生物膜形成、破坏其生物膜结构、抑制生物膜相关基因和外排泵相关基因的表达、增强HP代谢、激活HP中的AMP来降低HP耐药性。©作者2024。出版者百事登出版集团有限公司版权所有。

自然死亡的主要原因包括心血管疾病、癌症和呼吸系统疾病。导致疾病的因素包括遗传倾向、衰老、压力、慢性炎症、环境因素、自噬能力下降以及内分泌异常（包括维生素 D 水平不足）。维生素 D 补充剂治疗心血管疾病的临床结果尚无定论，这表明需要无偏见地确定因果关系。在这项研究中，我们采用了能够分析大量不同数据集的谱聚类方法，以检查维生素 D 的基因组和非基因组信号在疾病中的作用。本研究结果表明：（1）维生素 D 调节多个相互反馈环路，包括 p53、巨噬细胞自噬、一氧化氮和氧化还原信号传导； (2)这些监管方案涉及2000多种疾病。此外，维生素 D 的基因组和非基因组信号之间的平衡会影响组织稳态中巨噬细胞极化的自噬调节。这些发现让我们更深入地了解基因组和非基因组信号传导之间的相互作用如何影响维生素 D 药理学，并为提高以维生素 D 为中心的心血管疾病治疗和健康寿命的功效提供了机会。© 2024 Fliri 和 Kajiji。

肺癌是全世界最常见的恶性肿瘤之一，每年导致超过一百万人与癌症相关的死亡。尽管对与肺癌易感性和预后相关的遗传因素进行了广泛的研究，但很少有研究探讨与免疫系统有关的遗传倾向。这篇综述讨论了与肺癌易感性或预防、患者生存和治疗反应相关的最新基因组发现。结果证明了免疫遗传变异对先天性和适应性免疫反应、细胞因子和趋化因子分泌以及信号通路相关的免疫系统相关基因的影响。这些遗传多样性可能会影响肿瘤微环境中肿瘤和免疫细胞之间的串扰，从而影响癌症的进展、侵袭和预后。鉴于个体免疫基因组学特征存在相当大的变异性，未来的研究应优先考虑大规模分析，以利用高通量技术在不同人群中识别与肺癌相关的潜在遗传变异。这种方法将为预测靶向治疗的反应提供进一步的信息，并促进个体化癌症治疗新措施的开发。版权所有 © 2024 Roshan-Zamir、Khademolhosseini、Rajalingam、Ghaderi 和 Rajalingam。

鉴于肿瘤微环境（TME）对治疗反应和临床结果产生不利影响，强大的TME调节剂可能会显着提高癌症患者的疗效并增加生存获益。在这里，开发了带有聚乙二醇化的金纳米点锚定 CoFe2O4 纳米花（CFAP）来响应 TME 信号，旨在加剧氧化还原失调，从而在超声（US）照射下进行有效的抗肿瘤治疗。被肿瘤细胞摄取后，具有葡萄糖氧化酶（GOx）样活性的CFAP可以促进葡萄糖消耗并促进H2O2的产生。 CFAP 中的 Co(II)/Co(III) 和 Fe(II)/Fe(III) 多价元素对 H2O2 生成·OH 表现出强芬顿样活性。另一方面，能带结构 CFAP 依赖于 e-/h 对的增强分离和延迟复合，对于 US 驱动的 1O2 生成更为优越。此外，模拟过氧化氢酶的CFAP可以与胞质H2O2反应产生分子氧，这可能会增加耗氧反应（例如葡萄糖氧化和声敏过程）的产物产量。除了大量产生活性氧外，CFAP 还能够耗尽谷胱甘肽，破坏细胞内的氧化还原平衡。 CFAP 的严重免疫原性细胞死亡和对实体瘤的有效抑制证明了这种异质结构的临床效力，并可能激发更多相关的疾病治疗设计。© 2024 作者。 《Advanced Science》由 Wiley‐VCH GmbH 出版。

开发新型荧光探针作为分子传感器是理解分子机制的关键一步。基于 BODIPY 的探针因其高荧光量子产率、光稳定性和可调谐吸收/发射波长而提供多功能性。在这里，我们报告了一种新型 7-azaindole-BODIPY 衍生物的合成和评估，用于探测疏水蛋白以及蛋白质错误折叠和聚集。在有机溶剂中，该化合物显示出两种有效相互转换的发射激发态。在水性环境中，它形成具有独特光物理性质的分子聚集体。 7-azaindole-BODIPY 衍生物的复杂光物理学被探索用于传感应用。在白蛋白存在的情况下，该化合物在疏水蛋白区域稳定，显着增加其荧光发射强度和寿命。类似的效果会在蛋白质聚集体存在时发生，但在胃蛋白酶、DNA、Ficoll 40 和椰子油等其他大分子中则不会。与该化合物孵育的乳腺癌 (MCF-7) 和肺癌 (A549) 癌细胞的荧光寿命成像显微镜 (FLIM) 和双光子荧光显微镜在氧化应激下显示出更长的荧光寿命和更高的发射强度。同步加速器FTIR显微光谱证实观察到的光物理变化是由于氧化应激引起的蛋白质错误折叠和聚集造成的。这些发现表明，该化合物可以作为荧光探针来监测氧化应激引发的蛋白质错误折叠和聚集。

随着体细胞重编程为诱导多能干细胞 (iPSC)、基因编辑技术以及干细胞定向分化为异质组织的方案的最新进展，iPSC 衍生的肾脏类器官已成为研究多能干细胞过程的有用手段。肾脏发育和疾病。在基本肾脏发育信号通路知识的指导下，通过使用外源形态发生素在体外生成更坚固的肾样组织，已经取得了相当大的进展。然而，生化和生物物理微环境因素对组织发育和自组织有重大影响。在微环境生物物理方面的工程背景下，使用水凝胶细胞外支架进行类器官研究已引起人们的兴趣。两个水凝胶家族最近受到了广泛关注：自组装肽水凝胶（SAPH），其是完全合成且化学成分确定的，以及明胶甲基丙烯酰（GelMA）水凝胶，其是半合成的。两者都可以用作生长肾脏类器官的支持基质。根据我们最近发表的工作，我们重点介绍了描述人类 iPSC (hiPSC) 衍生的肾脏类器官的生成及其在 SAPH 和 GelMA 水凝胶中成熟的方法。我们还详细介绍了使用免疫荧光成像表征此类类器官所需的方案。总之，这些协议应该使用户能够在这种水凝胶中生长 hiPSC 衍生的肾脏类器官，并评估水凝胶提供的生物物理微环境对肾脏类器官成熟的影响。 © 2024 作者。当前协议由 Wiley periodicals LLC 出版。基本方案 1：人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 定向分化为肾类器官，并在机械可调自组装肽水凝胶 (SAPH) 内成熟。 替代方案：将第 9 天的肾单位祖细胞聚集在明胶甲基丙烯酰 (GelMA) 水凝胶中。支持方案 1：人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 培养。支持方案 2：用多聚甲醛 (PFA) 固定类器官 基本方案 2：肾脏类器官的整体免疫荧光成像。基本方案 3：类器官冷冻切片的免疫荧光。© 2024 作者。当前协议由 Wiley periodicals LLC 出版。

受载氧材料生物相容性差、氧负荷性能不理想、细胞耗氧量异常高导致缺氧缓解不足等制约，肿瘤缺氧干预方式的临床转化仍达不到预期。本文精心开发了一种基于模块化氟化前药设计和共组装纳米技术的无载流子氧纳米罐，该纳米罐通过焦脱镁叶绿酸a（PPa）氟化前药（FSSP）的分子纳米组装和耗氧量轻松制备而成。抑制剂（阿托伐醌，ATO）。纳米罐巧妙地实现了足够的富氧，同时抑制肿瘤内的耗氧量，从而彻底缓解肿瘤缺氧。重要的是，FSSP 中的氟化模块不仅使 FSSP 和 ATO 具有良好的共组装性，而且还使纳米组件能够轻松携带氧气。正如预期的那样，它表现出优异的携氧能力、良好的药代动力学、按需激光触发 ATO 释放、闭环肿瘤缺氧缓解以及体外和体内 PPa 介导的 PDT 显着增强。这项研究为肿瘤缺氧干预增强癌症治疗提供了一种新颖的纳米治疗范例。© 2024 作者。 《Advanced Science》由 Wiley‐VCH GmbH 出版。

肝细胞癌（HCC）是全球癌症相关死亡的第三大原因。为了降低 HCC 相关死亡率，早期诊断和治疗改进至关重要。 Hub差异表达基因（HubGs）可以作为潜在的诊断和预后生物标志物，也为精确治疗提供治疗靶点。因此，我们的目的是确定用于 HCC 诊断、预后和治疗的顶级 Hub 基因。通过系统文献综述，从 59 项研究中得出了 202 个 HCC 相关 HubG，但这些基因之间缺乏一致的检测。然后，我们通过综合生物信息学分析确定了排名靠前的 HubG（tHubG），突出显示它们的功能、通路和调节因子，这些可能更能代表 HCC 的诊断、预后和治疗。在本研究中，八个 HubG（CDK1、AURKA）通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和生存分析，将（CDC20、CCNB2、TOP2A、PLK1、BUB1B 和 BIRC5）确定为 tHubG。它们在 HCC 不同阶段的差异表达经癌症基因组图谱 (TCGA) 计划数据库验证，表明它们作为早期 HCC 标志物的潜力。富集分析揭示了 HCC 相关生物过程 (BP)、分子功能 (MF)、细胞成分 (CC) 和信号通路中的一些重要作用。此外，基因调控网络分析强调了在转录和转录后调节这些 tHubG 的关键转录因子 (TF) 和 microRNA (miRNA)。最后，我们选择了三种药物（CD437、avrainvillamide 和 LRRK2-IN-1）作为 HCC 治疗的候选药物，因为它们与我们提出的和已发表的所有蛋白质受体均表现出强结合。这项研究的结果可能为早期治疗提供宝贵的资源。 HCC 的诊断、预后和治疗。

乳腺癌已成为癌症死亡的主要原因之一，也是全球女性中最常诊断出的癌症。尽管乳腺癌治疗取得了进展，但大多数患者的转移性疾病最终会由于新发或继发耐药性的发展而进展。因此，寻找高效、低毒的新药进行系统治疗极为重要。我们在本研究中应用了3-(4,5-二甲基噻唑-2-基)-2,5-二苯基溴化四唑(MTT)测定。分析和评估齐墩果酸 (OA) 及其衍生物对三种乳腺癌细胞系（MDA-MB-231、MCF-7 和 MDA-MB-453）的细胞毒活性。进行流式细胞术分析以了解 MDA-MB-453 细胞中 SZC010 的凋亡机制和细胞周期分析。通过蛋白质印迹评估细胞凋亡和细胞周期蛋白相关蛋白。还通过蛋白质印迹评估了 NF-κB 和 PI3K-Akt-mTOR 信号通路的关键蛋白。我们的结果表明，所有 OA 衍生物在三种类型的乳腺癌细胞系（MCF-7、MDA- MB-231 和 MDA-MB-453）。在这七种 OA 衍生物中，SZC010 在 MDA-MB-453 细胞中表现出最有效的细胞毒性。此外，我们观察到 SZC010 治疗可诱导 MDA-MB-453 细胞剂量和时间依赖性生长抑制。此外，我们证明 SZC010 通过 PI3K/Akt/mTOR 信号通路抑制 NF-κB 激活，诱导 G2/M 期生长停滞和细胞凋亡。我们的数据表明，新型 OA 衍生物 SZC010 在乳腺治疗中具有巨大潜力癌症治疗。

从大量转录组数据推断细胞类型比例对于免疫学和肿瘤学至关重要。在这里，我们引入引导式 LDA 反卷积 (GLDADec)，这是一种批量反卷积方法，它使用细胞类型特定的标记基因名称来引导主题来估计每个样本的主题分布。通过使用血液数据集进行基准测试，我们展示了其高估计性能和稳健性。此外，我们将 GLDADec 应用于异质组织批量数据，并以数据驱动的方式进行全面的细胞类型分析。我们表明，GLDADec 在估计性能方面优于现有方法，并通过检查主题生物过程的丰富性来评估其生物可解释性。最后，我们将 GLDADec 应用于癌症基因组图谱肿瘤样本，根据估计的细胞类型比例进行亚型分层和生存分析，从而证明其在临床环境中的实用性。这种方法利用标记基因名称作为部分先验信息，可以应用于批量数据反卷积的各种场景。 GLDADec 可作为开源 Python 包在 https://github.com/mizuno-group/GLDADec 上获取。© 作者 2024。由牛津大学出版社出版。